動作環境

Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1を使用。
Python 2.6.6 (r266:84292, Aug 18 2016, 15:13:37) 
Python 3.6.0 on virtualenv
GAMESS version:20 Apr 2017(R1)
Intel Math Kernel Library version 12

量子化学計算のGAMESS
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/index.html

Intel Math Kernel Libraryを用いた計算設定をしている。

セットアップにおいて、lked実行時に以下のようなエラーが出る。

/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_core.a(mkl_memory_patched.o): In function `mm_cleanup_thread_cbk':
mkl_memory.c:(.text+0xa7ef): undefined reference to `dlopen'
mkl_memory.c:(.text+0xa810): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xa85e): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xa874): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xa88a): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xa97f): undefined reference to `dlerror'
mkl_memory.c:(.text+0xa9d2): undefined reference to `dlopen'
mkl_memory.c:(.text+0xaa86): undefined reference to `dlopen'
mkl_memory.c:(.text+0xaa9c): undefined reference to `dlerror'
mkl_memory.c:(.text+0xab60): undefined reference to `dlopen'
mkl_memory.c:(.text+0xab68): undefined reference to `dlerror'
mkl_memory.c:(.text+0xab7d): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xaba0): undefined reference to `dlopen'
mkl_memory.c:(.text+0xaba8): undefined reference to `dlerror'
mkl_memory.c:(.text+0xabb8): undefined reference to `dlsym'
mkl_memory.c:(.text+0xabd3): undefined reference to `dlerror'

https://software.intel.com/en-us/forums/intel-math-kernel-library/topic/621814
によると-ldlが必要とのこと。

lkedファイルの543行あたり(case mklのcase 12の場合)において以下がある。

          if ($GMS_FORTRAN == gfortran) set iflib=gf
          set MATHLIBS="-Wl,--start-group"
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_${iflib}_ilp64.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_sequential.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_core.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS -Wl,--end-group"

下記のように-ldlを追加した。

          if ($GMS_FORTRAN == gfortran) set iflib=gf
          set MATHLIBS="-Wl,--start-group"
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_${iflib}_ilp64.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_sequential.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS $mpath/libmkl_core.a "
          set MATHLIBS="$MATHLIBS -Wl,--end-group"
          set MATHLIBS="$MATHLIBS -ldl" # added 2017/08/28

lkedを実行するとエラーがでなくなり、games.00.xが生成された。

$lked
...
Linker messages (if any) follow...
 
The linking of GAMESS to binary gamess.00.x was successful.
0.436u 0.156s 0:00.60 96.6%	0+0k 0+90752io 0pf+0w