はじめに

Virtual Box 上の Kali 2020.2 で apt-get update をしたら Hash Sum mismatch が出てハマってしまいました。
解決策として試したのは以下の3つの方法ですが、どれも同じようにハッシュのエラーが出てしまい、解決に至れませんでしたが、とある方法で試したところ、解決できたので備忘録として残しておきます。

試してダメだったのは以下の方法です。

解決策①

$ sudo apt-get update --fix-missing

解決策②

$ sudo apt-get clean または sudo rm -rf /var/lib/apt/lists/*
$ sudo apt-get update

解決策③

/etc/apt/sources.listの設定ファイルを編集して、レポジトリのURLを
http://mirrors.ocf.berkeley.edu/kali kali-rolling main non-free contrib
に変更してからapt-get update

解決策

では最終的になにが原因だったのかというと、ヒントはHash値がMD5Sumのみが一致しているところにありました。

$ sudo apt-get update
Get:1 http://linux3.yz.yamagata-u.ac.jp/pub/linux/kali kali-rolling InRelease [30.5 kB]
Get:2 http://linux3.yz.yamagata-u.ac.jp/pub/linux/kali kali-rolling/main amd64 Packages [16.6 MB]
Err:2 http://linux3.yz.yamagata-u.ac.jp/pub/linux/kali kali-rolling/main amd64 Packages                     
  Hash Sum mismatch
  Hashes of expected file:
   - Filesize:16590427 [weak]
   - SHA256:00ccf318db598c4ddcd7094d28442cdb30088ab7de8cff6c0294de484a102146
   - SHA1:12776612134b22e45ffd84538bcc493c87e881a4 [weak]
   - MD5Sum:b9db76fb5ce9653b1d721068963a1787 [weak]
  Hashes of received file:
   - SHA256:4d733b1f1ead1ce850dbd4ff906a1eb959380b181afb6eba0b9898652f58a2a1
   - SHA1:b14761cbb2748365e608bbd57db3f1c41be04a53 [weak]
   - MD5Sum:b9db76fb5ce9653b1d721068963a1787 [weak]
   - Filesize:16590427 [weak]
  Last modification reported: Tue, 23 Jun 2020 12:03:38 +0000
  Release file created at: Tue, 23 Jun 2020 12:04:33 +0000

どうやら新しいLinuxで使用されているgcrypto20が原因でSHA256やSHA1のハッシュ値が異なってしまうようです。
参考に載せたサイトをもとに以下の手順で解決することができました。（心から感謝です、、、！）

$ sudo bash
# mkdir /etc/gcrypt
# echo all >> /etc/gcrypt/hwf.deny

この設定を施した後に

$ sudo apt-get update

でいけました！！