複数のファイルにBasic認証を設定する方法です。
.htaccessファイルと.htpasswdの2つのファイルを用意します。
ローカル上でおそらく上記の名称に設定はできないと思いますので、
ローカル上ではhtaccess.txtなどテキスト形式にしておき、アップロードした後にリネームします。
.htaccessファイルは下記のように記述します。

.htaccess

<Files xxx.html>
AuthUserFile /home/xxxx/.htpasswd
AuthType Basic
AuthName "Web access"
Require valid-user
</Files>

<Files xxx.html>
AuthUserFile /home/xxxx/.htpasswd
AuthType Basic
AuthName "Web access"
Require valid-user
</Files>

<Files xxx.html>のxxx.htmlはBasic認証を設定したいファイルに適宜変更。
.htaccessを設置するディレクトリからのパスを記述してください。

AuthUserFile /home/xxxx/.htpasswdに関しても適宜変更してください。
こちらは、.htpasswdのパスを記述してください。
上記の場合は2つのファイルに対して認証を設定しています。
同じhtpasswdを参照しているので、同じIDとパスワードになります。
ファイルごとに別々のIDとパスワードに設定したい場合は、
.htpasswd2など別のファイルを作成してそちらのパスを指定してください。

.htpasswdには下記ように認証画面で入力するIDとパスワードを記入します。
パスワードに関しては、暗号化して記述します。
「htpasswd用パス作成ツール」のサイトで暗号化できます。
下記はIDをtestにパスワードを1234に設定し暗号化したときの記述例です。

.htpasswd

test:3f6CcU7JTBNt2