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macにバンドルインストールされているターミナルエミュレータTerminal.appですが,
⌘ + d の画面分割とか ⌘ + w のWindowを閉じるショートカットキーとか誤爆が辛いし使わないので
無効化したかったんですけど, ざっと調べた限り日本語の記事が見つからなかったので方法を纏めました.
⌘ + d(画面分割)を無効化
どれも同じなんですけど, 今回は一例として上記の⌘ + d を無効化していきます.
筆者の場合tmuxのprefix周りで誤爆が多いので殺します.
Terminal.appを開き上のメニューバーから殺したいショートカットのコマンド名を確認します.
言語設定が英語になっているので Split Pane ですが, 日本語設定の場合はそのコマンドを確認してください.

macの設定から キーボード -> ショートカット と開き,+ から先述したコマンドに新しいキーショートカットを上書きすることで無効化します.
(英語の場合大文字小文字考慮します.)
Terminal.appはApplication/Utilite(ユーティリティ)/Terminal.appに入っているので探してみてください.

参考文献
keyboard - Disable Command-W in the terminal - Ask Different