GTDBの系統樹からphylumを抽出し、iTOLで表示する

背景

以前の記事で、GTDBで提供されている系統樹をiTOLで開く方法を紹介しました。この系統樹は、10万近くの細菌種からなり、非常に重いです。種の系統樹を門(phylum)にまとめると、見やすくなります。この記事では、GTDBの系統樹からphylumを抽出し、iTOLで表示する方法を紹介します。

実行環境

• Windows11
• Ubuntu 22.04.3 LTS
• ete4 (以前の記事で環境構築を紹介)

入力ファイル

入力するGTDBの系統樹は、以前の記事によるbac120_to_itol_noboot.treeを想定しています。

サンプルプログラム

ete4を使用して、系統樹から門のみを抽出するプログラム例はこちらです。
実行の際はこのようなコマンド($ python prune_phylum.py > phylum.tree)を入力し、ファイル出力しました。

prune_phylum.py

from ete4 import PhyloTree

def prune_phylum(file_path,parser=1):
    phylum_list = []
    t = PhyloTree(open(file_path),parser=parser)
    for node in t.traverse():
        full_name = node.name
        if full_name is None:
            continue
        if 'p__' in full_name:
            # 以下のノード名に対応し、phylum(p__)を抽出
            # p__Desulfobacterota_B|c__Binatia
            print(full_name)
            phylum = full_name.split("|")[0]
            # ノード名はphylumに置き換える
            node.name = phylum
            phylum_list.append(phylum)
    t.prune(phylum_list)
    return t

if __name__ == '__main__':
    t = prune_phylum('bac120_to_itol_noboot.tree',1)
    # t.show()
    print(t.write(parser=1))

結果

系統樹の門のみ抽出し、iTOLで表示できました。

まとめ

門のみを抽出した系統樹はAnnoTreeでも表示できますが、iTOLの方が自由度高く系統樹にアノテーションできると思っています(個人の意見です)。また、コードではコメントアウト(t.show())していますが、ete4でも系統樹を描画できます。この書き方についても紹介していきたいです。