WSL2上のUbuntuでETE Toolkitの環境を構築する

ETE Toolkitとは

ETE(Environment for Tree Exploration)は、系統樹の構築、分析、可視化をpythonで操作できる計算フレームワークです。これまで、ETEのバージョン3であるete3が使用されてきましたが、この環境構築は公式ページの方法に従っても上手くいきません(私の環境では)。最近はete4が新しく開発されているようなので、ete4の環境構築を試しました。

動作環境

• Windows11 + WSL2
• Ubuntu
• python 3.9.19

環境構築フロー

1. 仮想環境の準備
2. パッケージのインストール

仮想環境の準備

私は普段anacondaを使っていましたが、ete4はpipで提供されています。condaとpipは併用したくないので、venvで系統樹解析用の環境を新しく用意することにしました。

Ubuntu

$ mkdir tree_analysis #系統樹解析を実施するディレクトリを用意
$ cd tree_analysis #系統樹解析を実施するディレクトリに移動
$ python -m venv venv #仮想環境を作成
$ source venv/bin/activate #仮想環境を起動
(venv)$

パッケージのインストール

パッケージは以下の二つをインストールします。

Ubuntu

(venv)$ pip install https://github.com/etetoolkit/ete/archive/ete4.zip
(venv)$ pip install pyqt6

動作確認

ete4の使用方法はこのドキュメントにまとまっています。試しに、このドキュメントに紹介されたプログラムの一つをtest.pyとして実行します(python test.py)。

test.py

from ete4 import Tree
from ete4.treeview import faces, AttrFace, TreeStyle, NodeStyle


def layout(node):
    if node.is_leaf:
        N = AttrFace('name', fsize=30)
        faces.add_face_to_node(N, node, 0, position='aligned')


def get_example_tree():
    # Set dashed blue lines in all leaves.
    nst1 = NodeStyle()
    nst1['bgcolor'] = 'LightSteelBlue'
    nst2 = NodeStyle()
    nst2['bgcolor'] = 'Moccasin'
    nst3 = NodeStyle()
    nst3['bgcolor'] = 'DarkSeaGreen'
    nst4 = NodeStyle()
    nst4['bgcolor'] = 'Khaki'

    t = Tree('((((a1,a2),a3), ((b1,b2),(b3,b4))), ((c1,c2),c3));')
    for n in t.traverse():
        n.dist = 0

    n1 = t.common_ancestor(['a1', 'a2', 'a3'])
    n1.set_style(nst1)
    n2 = t.common_ancestor(['b1', 'b2', 'b3', 'b4'])
    n2.set_style(nst2)
    n3 = t.common_ancestor(['c1', 'c2', 'c3'])
    n3.set_style(nst3)
    n4 = t.common_ancestor(['b3', 'b4'])
    n4.set_style(nst4)
    ts = TreeStyle()
    ts.layout_fn = layout
    ts.show_leaf_name = False

    ts.mode = 'c'
    ts.root_opening_factor = 1
    return t, ts


if __name__ == '__main__':
    t, ts = get_example_tree()
    t.show(tree_style=ts)
    # Or save it with:
    #   t.render('node_background.png', w=400, tree_style=ts)

以下のような出力が得られ、系統樹のレンダリングに成功しました。