Emacsのorg-modeでorg-agendaを利用する時は、読み込むorgファイルを設定する必要があります。特定のディレクトリに存在するorgファイルをすべて読み込む時は
(setq org-agenda-files '("~/org"))
で良いようです。ただし、この場合、読み込まれる順番は、ファイル名でソートしたものになるようです。この読み込み順は、少なくともTODOリストの順番に影響を与えるようです。
読み込む順番を指定したかったこと、加えて読み込むファイルを限定したかったことから、以下のように設定し直しました。
(setq org-agenda-files '("~/org/f3.org"
"~/org/f1.org"
"~/org/f2.org"))
さらに重複が気に食わなかったので修正。
(setq org-directory "~/org/")
(setq org-agenda-files
(mapcar (lambda (basename)
(concat org-directory (symbol-name basename) ".org"))
'(f3 f1 f2)))
コードが長くなった上に、可読性が下がった気がしましたが、見なかったことにしました。