はじめに
MacOS(Catalina)におけるRStanの入れ方をまとめました。
環境
macOS Catalina 10.15.7
R version 3.6.1 (2019-07-05)
RStudio version 1.1.456
事前準備
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V8をインストール
ターミナルを起動し、v8をインストール。
他にも足りないものがあるかもしれないが、現在の環境ではこれだけ。brew install v8 -
gfortranのインストール
githubのページから
gfortran-10.2-Catalina.dmgをダウンロードし、右クリックでこのアプリケーションで開く-インストーラ(デフォルト)から手順に従ってインストールをする。これを入れないと次のR toolchainをうまくインストールできない。 -
R toolchainのインストール
githubのページから
macos-rtool-4.0.0.pkgをダウンロードし、gfortranのインストールと同じ手順でインストール。 -
PCの再起動をする
RStanのインストール
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RStudioを開きます。コンソールで以下を実行
C++ toolchainをインストール。
install.packages("Rcpp", repos = "https://rcppcore.github.io/drat")
improve the estimation speed of the mode
dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS += -O3 -mtune=native -arch x86_64 -ftemplate-depth-256",
file = M, sep = "\n", append = FALSE)
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RStanが既に入っている場合への対策として、以下をコンソールで実行
remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")
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RStudioを再起動
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次をコンソールで実行
インストール時の設定をする。
Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") # four cores used -
RStanをインストール
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)
RStanの動作確認
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RStanをインポート
library(rstan)無事に入っていればrstanのVersionが3行目で表示される