auto-install(install-elisp)をEmacsにインストールしているなら、.emacsで使用しているダウンロードが必要なrequireに対しては、インストールするためのS式をコメントとして記述しておくのがオススメ。
S式のあるコメント行で C-e C-x C-e (すなわち、S式の閉括弧の後ろで C-x C-e) を入力するだけで、新しい環境に移行した時に足りなかったelispファイルをインストールしたり、古くなったelispファイルを更新したりできる。
例
;; (install-elisp "https://raw.github.com/hoge/hoge.el")
(require 'hoge)
;; (install-elisp-from-emacswiki "huga.el")
(require 'huga)