不具合：シリアル通信で受信データの前半部分が欠落する。

例：
”abcdefghijklmn” + 終了文字　というデータを受信したいが
"klmn" + 終了文字　しか受信できない。

なお、送受信の基本処理はpySimpleGUIで作った画面のボタンを押すことで制御し、受信処理はスレッドで回している。

serial.py

import PySimpleGUI as sg
import serial
import time
import threading

Ser = None #シリアルポート

def open_port(s_port):
    ser = serial.Serial()
    ser.baudrate = 9600
    ser.timeout = 0       # 読み取りタイムアウトの時間 0:即座にタイムアウト
    ser.parity = serial.PARITY_NONE
    ser.bytesize = serial.EIGHTBITS
    ser.stopbits = serial.STOPBITS_ONE
    ser.xonxoff = False 
    ser.port = 'COM' + s_port

    # 開いてみる
    try:
        ser.open()
        return ser
    except:
        messagebox.showerror('エラー', 'エラー：ポートが開けませんでした。')
        return None


tm_wait_rx = 0 #受信待ちタイマー
#送信処理
def Tx(ser):
    global tm_wait_rx

    Tx_Data = 送りたい文字列データ
    if ser.isOpen() == True:
        ser.write(Tx_Data.encode('ascii')) 
        ser.flush() #送信するまで待機
        tm_wait_rx = 1000 #受信待ちタイマー1000ミリ秒


#受信処理
def Rx_Proc(ser):
    global tm_wait_rx
    global End_Mark          #'通信の終了文字
    if ser == None:
        return
    elif ser.isOpen() == True:
        line = ''
        while ser.isOpen() == True: 
            try:
                r = ser.read(1) #1バイトずつ読む　
                if r == b'':
                    return
                line += r.decode('ascii') 
                if r.decode('ascii')  == End_Mark:
                    このへんで受信データ line を処理
                    break

            except:
                messagebox.showerror('エラー', 'エラー：受信処理に異常')
                break
        tm_wait_rx = 0 #受信待ちタイマーをクリア

    else:
        return

#受信処理をスレッドでまわす
def Rx_Proc_th():
    global Ser
    global tm_wait_rx
    while True:
        Rx_Proc(Ser)
        time.sleep(0.001)
        if tm_wait_rx > 0:
            tm_wait_rx -= 1  #受信待ちタイマーを0.001秒ごとに減算


layout = ここで画面パーツを定義する

window = sg.Window('シリアル通信テスト', layout, return_keyboard_events=True, enable_close_attempted_event=False)

            
thread2 = threading.Thread(target=Rx_Proc_th, )
thread2.start()


#ループで送信ボタンが押されるのを待つ
while True:
    event, values = window.read(timeout=50) #画面イベントを待つ

    if tm_wait_rx > 0:  #受信待ち中は何もしない
        continue
    
    elif event == 'com_open':
        Ser = open_port(1)

    elif event == '送信':
        Tx(Ser) #データ送信

解決？方法

１．画面イベント待ちのタイムアウトを短くした。←これは関係ないっぽい

serial.py

#ループで送信ボタンが押されるのを待つ
while True:
    event, values = window.read(timeout=1) #画面イベントを待つ　タイムアウト1ms

２．念のためシリアルポートの受信タイムアウトを長くした。←多分これが正解

serial.py

def open_port(s_port):
    ser = serial.Serial()
    ser.baudrate = 9600
    ser.timeout = 0.1       # 読み取りタイムアウトの時間 100ms
    ser.parity = serial.PARITY_NONE
    ser.bytesize = serial.EIGHTBITS
    ser.stopbits = serial.STOPBITS_ONE
    ser.xonxoff = False 
    ser.port = 'COM' + s_port

受信タイムアウトが短すぎるのが原因のようです。
ただ、なぜ受信データの先頭部分だけが欠落するのか謎・・・