Custom Claimを利用する方法は以前にも書いたのですが、標準関数であるsetCustomUserClaim()は標準では上書きされてしまうようです。

どういうことかというと、

{A:true,B:true}

という結果を得るために、

setCustomUserClaim(uid,{A:true});
setCustomUserClaim(uid,{B:true});

とすると、

{B:true}

となります。
これを{A:true,B:true}としたいのです。

　基本動作の確認

CustomUserClaimsはadminじゃないと操作できませんのでfirebase-adminを利用します。
また予めユーザーを作成し、uidを取得した状態から操作しています。

まず通常のsetCustomUserClaims()の動作を確認。

const admin = require('firebase-admin');
admin.initializeApp({
    credential: admin.credential.cert('/path/to/key.json'),
    databaseURL: 'https://xxxxx.firebaseio.com',
});

(async () => {

	//uid
	const uid = "cI4FbDfSMCMUMXVcn1TlZTpGKQn2";

    //Custom Claim通常設定
    await admin.auth().setCustomUserClaims(uid, {});
    await admin.auth().setCustomUserClaims(uid, { A: true });
    await admin.auth().setCustomUserClaims(uid, { B: true });

    //Custom Claim表示
    const user = await admin.auth().getUser(uid);
    console.log(user.customClaims);

})();

実行結果。上書きされています。

{ B: true }

追記（その１）

では追記。カスタム関数を作成するパータン。

const admin = require('firebase-admin');
admin.initializeApp({
    credential: admin.credential.cert('/path/to/key.json'),
    databaseURL: 'https://xxxxx.firebaseio.com',
});

//追記のための関数
const addCustomUserClaims = async (uid, claims) => {

    const user = await admin.auth().getUser(uid);
    let updateClaims = user.customClaims || {};

    for (let property in claims) {
        if (Object.prototype.hasOwnProperty.call(claims, property)) {
            updateClaims[property] = claims[property];
        }
    }

    await admin.auth().setCustomUserClaims(uid, updateClaims);

}

(async () => {

    const uid = "cI4FbDfSMCMUMXVcn1TlZTpGKQn2";

    //Custom Claimの追記
    await addCustomUserClaims(uid, { A: true });
    await addCustomUserClaims(uid, { B: true });

    //Custom Claim再表示
    const user = await admin.auth().getUser(uid);
    console.log(user.customClaims);

})();

実行。追記されてます。

{ B: true, A: true }

追記（その２）

オブジェクトをマージすればいいだけな気もします。

const user = await admin.auth().getUser(uid);
await admin.auth().setCustomUserClaims(user.uid,{...user.customClaims,...{A:true});
await admin.auth().setCustomUserClaims(user.uid,{...user.customClaims,...{B:true});

参考

https://stackoverflow.com/questions/57429120/firebase-admin-sdk-set-merge-custom-user-claims