Trinity が Perl の Thread support のせいで動かない時。

Trinityで見慣れない警告

RNA-Seqを用いたトランスクリプトーム解析用のソフトウェア Trinity 。これをインストールし、実行したら以下の様な警告が出た。

$ ./Trinity -version
This Perl not built to support threads
Compilation failed in require at ./Trinity line 5.
BEGIN failed--compilation aborted at ./Trinity line 5.

ちなみに使用はcentos6で、perlのバージョンの問題かと思ってplenvでバージョンを上げたが効果なし。

plenvで解決

その後よく調べると（というか警告にも書いてあるのだが）perlがインタプリタスレッド対応してない事が原因のよう。そこでplenvを用いてインタプリタスレッド対応のPerlをインストールし直したら解決した。

$ plenv install 5.18.2 -Dusethreads
$ plenv global 5.18.2

plenvの導入などは省略する。

参照元

http://qiita.com/TaMaMhyu/items/0d0597ab31559b82938d
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki