The virtual brain を ubuntu 18.04 にインストールしたときのメモです．
動機
脳波などのメソスコピックレベルの脳活動の数理モデルの共通基盤を作ることを目指している The Virtual Brain というシミュレータがある。 解剖学や臨床のデータを構造に反映した脳の数理モデルを構築し、仮想的な脳波やfMRIデータを生成することができる。端的にいうと、実際の脳の構造を反映した結合行列を持った結合非線形振動子系のシミュレータ。region-based model と suface-based model があり，region-based modelならpcレベルでも動くので、インストールして試してみたい。
環境
- Ubuntu 18.04 (desktop)
Dockerとかよく知らない化石なので，今回は仮想マシン使います．
- サーバーとして他のマシンから使いたい。
- 主にWebインターフェースになるか、スクリプト使って動かすか、これから次第だが、とりあえずはWebから使ってみる。
official web site
推奨環境
https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-requirements
抜粋
- 1シミュレーションに１CPUコア必要．
- 一回のregion-level のシミュレーションには8GB以上のメモリで十分．より複雑なシミュレーションの場合は少なくとも16GB以上．
- surface-level のシミュレーションにはより多くのメモリが必要
- surface-level の 10ms のシミュレーションに300MBのディスクスペースが必要．ユーザ一人あたり50GBが目安．
- PCを使う場合，WebGL対応のグラフィックカードが必要．
ダウンロード
https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-software
2019/11月時点で最新のv1.5.8をダウンロードする．
右のLinux 版 1.2GB をダウンロード．
インストールと起動
$ unzip TVB_Linux_1.5.8.zip
$ cd TVB_Distribution/
webブラウザから操作するweb application GUI interface を使うには，解凍したディレクトリのbinの中にあるスクリプトtvb_start.shを実行する．
$ cd TVB_Distribution/bin
$ ./tvb_start.sh
終了するときは
$ ./tvb_stop.sh
configuring
最初の起動時は少し待つと，ブラウザが開いて初期設定をする画面がでるので，管理者のユーザ名やパスワード，メールなどを登録する．matlabやoctaveが使える場合はそのpathを指定する．他はとりあえずデフォルトにした．
ログイン画面
ログイン画面が出ました．他のマシンのブラウザからもアクセスできるようです．
今回はとりあえずここまで．
デモデータ
デモ用のデータはインストールパッケージにも一部含まれているが，より多くのデータがGithubにあるらしい．
https://github.com/the-virtual-brain/tvb-data
TODO
- マルチユーザ設定で使うには，専用ユーザーをつくってそこから動かしたほうが便利か．