LIME (Line Modeling Engine) (https://github.com/lime-rt/lime) は non-LTE 輻射輸送を解く public code. Documentation の手順だけではインストールできなかったので備忘録のために方法を記しておく。
環境とバージョン
- Ubuntu 18.04 LTS
- LIME 1.9.4+ master track version (ここ)
LIMEは適当なディレクトリに git clone する。
必要なパッケージのインストール
LIMEのREADMEによれば、以下の3つのパッケージのインストールが必要なよう。
- qhull
- cfitsio
- gsl
まず上のリンクからこれらをすべてダウンロードして解凍して適当なディレクトリに置いておく。
qhull
READMEにある方法ではダウンロード不可（最新版ではconfigure scriptがない）なので、MakefileをいじってPREFIXという変数をLIMEのbase directoryにしておく。
# Do not replace tabs with spaces. Needed for build rules
# Unix line endings (\n)
PREFIX ?= path/to/lime/base/directory # ココ
BINDIR ?= bin
INCDIR ?= include
LIBDIR ?= lib
DOCDIR ?= share/doc/qhull
MANDIR ?= share/man/man1
PCDIR ?= $(LIBDIR)/pkgconfig
で、Makefileがあるところで
make
make install
cfitsio, gsl
READMEに従って素直にやればよい。
./configure --prefix=path/to/lime/base/directory
make
make install
LIMEのコンパイルとテスト計算
LIMEのdirectoryに行ってconfigure.
cd path/to/lime/base/deirectory
./configure
PATHを通して
echo export PATH=<path/to/lime/base/directory>:${PATH} >> ~/.bashrc
templateのモデルが lime-1.9.5/example/model.c にあるので、example ディレクトリで
lime model.c
すると動くと思いきや、qhull_a.h とかいうライブラリがありません、とか言われる。どうもsrc/lime.h 内で include するときに qhull のパスが適切に設定されていないっぽくて（ここを参照）、lime.h の最初の方で
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <time.h>
#include <signal.h>
#include <gsl/gsl_matrix.h>
#include <gsl/gsl_math.h>
#include <gsl/gsl_spline.h>
#include <gsl/gsl_rng.h>
#include <gsl/gsl_linalg.h>
#include <libqhull/qhull_a.h> # ココ、元は #include <qhull_a.h>
#include <fitsio.h>
に修正。これでいけるか、と思いきや、今度は -lqull がありませんとか言われる。ここによると、よくわからんがLIMEは qhull でなくて qhullstatic を使うらしいので、LIMEのbase directoryに生成された Makefile.defs の1行目を qhull から qhullstatic に書き換える。（2021/08/13追記：というか、configure scriptを書き換えるのが正しい方法ですね。base directoryにある configure ファイルのそれっぽいところを書き換えればよい。）
LIB_QHULL = qhullstatic # ココ、元は qhull
PYCCFLAGS = -I/home/yamato/.pyenv/versions/3.8.10/include/python3.8 -I/home/yamato/.pyenv/versions/3.8.10/include/python3.8 -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall
PYLDFLAGS = -L/home/yamato/.pyenv/versions/3.8.10/lib/python3.8/config-3.8-x86_64-linux-gnu -L/home/yamato/.pyenv/versions/3.8.10/lib -lcrypt -lpthread -ldl -lutil -lm -lm
これで晴れて
lime model.c
すると、こんなん
*** LIME, The versatile line modeling engine, version 1.9.4+ (master track)
Building grid : ######################### | [ok] | Molecular data
Smoothing grid : ######################### | [ok] |
| HCO+
Statistics : | 1 collision partner:
| H2
Iterations : # |
Propagating photons: ### | | Model provides:
| 1 density profile
|
Ray-tracing model : | |
|
が出てきて、無事走る。めでたしめでたし。
その他
lime コマンドはダストオパシティのデータファイルがあるところで動かさないとうまくいかないっぽい。
(以下、2021/08/13 追記)
pylime
pylimeはLIMEのpython wrapper. python2.7しかサポートしていないようなので、例えばpyenvで管理しているなら
pyenv global 2.7.18
とかして、base directoryで
./configure
make pylime
すればよい。ただし、例えば以前に別のバージョンのpython環境で make した場合、パス関係がうまくいかないっぽいので、上のコマンドを実行する前に
make distclean
してください。
続いて、どうも上でインストールしたパッケージのライブラリのディレクトリへのパスが通ってないようなので、base directoryにある pylimerc.sh （cshを使っているなら pylimerc.csh ）に、以下を追記。
export LD_LIBRARY_PATH="<path/to/lime/base/directory>/lib"
最後に
. ./pylimerc.sh
source ./pylimerc.sh
すれば、example フォルダに行って、
pylime model.py
が以下のようにうまく走ります。
*** LIME, The versatile line modeling engine, version 1.9.4+ (master track)
Building grid: DONE
Smoothing grid: DONE
Molecule: HCO+
1 collision partner:
H2
Model provides: 1 density profile
Iteration 1 / max 14: Starting
Statistics: Min(SNR) 0.000
Statistics: Median(SNR) 0.000
Iteration 1 / max 14: DONE
Iteration 2 / max 14: Starting
Statistics: Min(SNR) 0.000
Statistics: Median(SNR) 0.000
Iteration 2 / max 14: DONE
Iteration 3 / max 14: Starting
Statistics: Min(SNR) 0.101
Statistics: Median(SNR) 2.041
Iteration 3 / max 14: DONE
...