ProDyインストール

この記事について

タンパク質の基準振動解析(Normal Mode Analysis;NMA)を行うためにProDyを使う必要があったので、Macにインストールする方法を残しておきます。記事の内容に間違い等ございましたら、お手数ですがご連絡ください。

環境

• MacOS Sonoma 14.5
• 最終動作確認日：2024年5月18日

ProDyとは？

• Pythonのパッケージ
• タンパク質立体構造や、ダイナミクスの解析に使える(タイトルにも"Protein Dynamics & Sequence Analysis"とある)
• 主成分分析(PCA)や、ANM/GNMを使った基準振動解析(NMA)ができる
• 以下の公式サイトが親切なので、基本はこれを読めば良い
  • 公式サイト
  • インストール方法
  • GitHubレポジトリ

この記事で使う表記

初めて見たとき何が何やらわからなかった記憶があるので、一応書いておきます。

• $：シェルコマンド(今回はMacターミナルの黒い画面で打つコマンド)
• >>>：Pythonコード
• なし：それ以外(~/.zshrcへの書き込みなど)

インストール

上述のインストール方法を参考に進める。
Macの場合、まずはGitHubのリポジトリからProDyをcloneしてくる。

$ git clone https://github.com/prody/ProDy.git

次に、Pythonの環境変数を設定する。以下を~/.zshrcに追記して、source ~/.zshrcで反映させる(/path/to/ProDyは、clone先のpathに適宜書き換える)。

export PYTHONPATH=/home/USERNAME/path/to/ProDy:$PYTHONPATH

ProDyにはC++で書かれたモジュールがあるらしいので、以下のコマンドでそれらをコンパイルする。

$ cd ProDy
$ python setup.py build_ext --inplace --force

最後に、pathを通せばインストールは完了である。以下を~/.zshrcに追記して、source ~/.zshrcで反映させる。

export PATH=/home/USERNAME/path/to/ProDy/scripts:$PATH

動作確認

Pythonを起動して、ProDyをimportする。

$ python
>>> from prody import *

Protein Data Bank(PDB)から、Villin headpiece(PDBID:1unc)という有名なタンパク質を試しにダウンロードしてみる。

>>> pdb = parsePDB('1unc')

以下のようなメッセージが表示されたらOK。最終行に577 atomsと書かれているので、577個の原子で構成されていることがわかる。また25 coordinate set(s)とあるのは、PDB上に(NMRで測定された)1uncの構造が25個上がっていることを示す。

@> Connecting wwPDB FTP server RCSB PDB (USA).
@> 1unc downloaded (1unc.pdb.gz)
@> PDB download via FTP completed (1 downloaded, 0 failed).
@> 577 atoms and 25 coordinate set(s) were parsed in 0.04s.

以上。