Unity シーンの変更を保存

using UnityEngine;
using UnityEngine.SceneManagement;
using UnityEditor;
using UnityEditor.SceneManagement;

public class Sample
{
    [MenuItem("MyTools/Sample")]
    public static void Main()
    {
        // 変更処理
        var root = new GameObject("Root");

        var gameObjects = (GameObject[])Object.FindObjectsOfType(typeof(GameObject));

        foreach(var obj in gameObjects)
        {
            obj.transform.SetParent(root.transform);
        }
        // 終了

        // シーンの取得
        var currentScene = SceneManager.GetActiveScene();
        // 変更したことを知らせる。
        EditorSceneManager.MarkSceneDirty(currentScene);
        // 変更を保存する。
        EditorSceneManager.SaveScene(currentScene);
    }
}

Dirtyの簡単な説明

Unityではデータが変更されているが、ディスクには保存されておらず保存する必要がある場合にダーティフラグを使用します。
参考
https://docs.unity3d.com/jp/460/ScriptReference/EditorUtility.SetDirty.html