MSYS2のインストール、設定方法について書かれた様々なサイトを参考にしながら
環境構築を試してきましたが、pacmanのバージョンの違いなどによって、意外とつまずく点もあったため、
自分用の構築手順をまとめて記載していこうと思います。
MSYS2のインストールやパッケージ更新以外は各設定の備忘録になります。

1.MSYS2のインストール
 2.pacmanによるパッケージ更新&追加
 3.minttyの設定
 4.Vimの設定
 5.aliasの設定
 6.functionsの設定
 7.tmuxの設定
 8.コンテキストメニューへの追加

1.MSYS2のインストール

まずは↓からインストーラをダウンロードしインストールします。
MSYS2 installer
"x86_64" と書かれているほうは64bitです。
※ここでは64bitをインストールして設定していきます。

2.pacmanによるパッケージ更新&追加

まずはパッケージ管理の「pacman」のバージョンを確認します。

$ pacman -Sl | grep 'pacman '
msys pacman 5.0.1-1 [インストール済み]

更新方法等はpacmanのバージョンによって手順が異なるようですが、
この投稿では5.0.1-1または5.0.1.6403以降の場合で記載します。

2-1.更新

下記のコマンドで、
リポジトリとローカルパッケージデータベースとの同期およびアップグレード(ダウングレード含む)
を実行します。

$ pacman -Syuu

もし、下記の警告メッセージが表示された場合は
MSYS2を再起動し、再度更新のコマンドを実行します。
上記を繰り返し、更新するものがなくなれば警告メッセージは表示されなくなります。

警告: terminate MSYS2 without returning to shell and check for updates again
警告: for example close your terminal window instead of calling exit

2-2.追加

パッケージの更新が終われば、次は必要なパッケージの追加です。
パッケージのインストールは下記のコマンドです。

$ pacman -S [パッケージ名]

自分の環境には下記のパッケージをインストールしました。

$ pacman -S base-devel
$ pacman -S msys2-devel
$ pacman -S mingw-w64-i686-toolchain
$ pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain
$ pacman -S mingw-w64-x86_64-boost
$ pacman -S vim
$ pacman -S openssh
$ pacman -S sshpass
$ pacman -S git
$ pacman -S unzip
$ pacman -S rsync
$ pacman -S tmux

// 一括インストールする場合
$ pacman -S base-devel msys2-devel mingw-w64-i686-toolchain mingw-w64-x86_64-toolchain mingw-w64-x86_64-boost vim openssh sshpass git unzip rsync tmux

3.minttyの設定

minttyはターミナルエミュレータです。
設定ファイルは「.minttyrc」になります。

.minttyrc

# mintty Settings
BoldAsFont=no
FontHeight=11

Columns=110
Rows=40
Locale=ja_JP
Charset=UTF-8
Term=xterm-256color

CopyOnSelect=yes
RightClickAction=paste
BackspaceSendsBS=yes

IMECursorColour=255,0,0

4.Vimの設定

Vimはテキストエディタです。
設定ファイルは「.vimrc」になります。

.vimrc

" Vim Settings

"カラースキーム
syntax on
colorscheme monokai
set t_Co=256

" setting
" 文字コードをUTF-8に設定
set fenc=utf-8
" バックアップファイルを作らない
set nobackup
" スワップファイルを作らない
set noswapfile
" 編集中のファイルが変更されたら自動で読みなおす
set autoread
" バッファが編集中でもその他のファイルを開けるように
set hidden
" 入力中のコマンドをステータスに表示する
set showcmd
" Backspaceによる削除を設定
set backspace=indent,eol,start

" 見た目系
" 行番号を表示
set number
" 行末の一文字先までカーソルを移動できるように
set virtualedit=onemore
" インデントはスマートインデント
" set smartindent
" 改行時に前の行のインデントを継続する
set autoindent
" 括弧入力時の対応する括弧を表示
set showmatch
" ステータスラインを常に表示
set laststatus=2
" 現在の行を強調表示
set cursorline
" コマンドラインの補完
set wildmode=list:longest
" 折り返し時に表示行単位での移動できるようにする
nnoremap j gj
nnoremap k gk
" 行頭、行末移動
nnoremap <S-h> 0
nnoremap <S-l> $
" ノーマルモード時にReturnキーで改行
nnoremap <CR> A<CR><ESC>
" nnoremap ; :
" nnoremap : ;


" Tab系
" 行頭以外のTab文字の表示幅（スペースいくつ分）
" set tabstop=4
" 行頭でのTab文字の表示幅
set shiftwidth=4
" 行末の1文字先までカーソルを移動できるように
set virtualedit=onemore


" 検索系
" 検索文字列入力時に順次対象文字列にヒットさせる
set incsearch
" 検索文字列が小文字の場合は大文字小文字を区別なく検索する
set ignorecase
" 検索文字列に大文字が含まれている場合は区別して検索する
set smartcase
" 検索語をハイライト表示
set hlsearch
" ESC連打でハイライト解除
nnoremap <Esc><Esc> :nohlsearch<CR><Esc>
" 検索時に何個マッチしたかを表示する
nnoremap <expr> / _(":%s/<Cursor>/&/gn")


" 保存時に行末の空白を除去する
" autocmd BufWritePre * :%s/\s\+$//ge
" 保存時にtabを2スペースに変換する
" autocmd BufWritePre * :%s/\t/    /ge

"hi IndentGuidesOdd  ctermbg=black
"hi IndentGuidesEven ctermbg=darkgrey

" Ctrl+nでディレクトリ構造を表示
" nnoremap <C-n> :NERDTreeToggle<Enter>


" http://inari.hatenablog.com/entry/2014/05/05/231307
""""""""""""""""""""""""""""""
" 全角スペースの表示
"""""""""""""""""""""""""""""
function! ZenkakuSpace()
  highlight ZenkakuSpace cterm=underline ctermfg=lightblue guibg=darkgray
endfunction

if has('syntax')
  augroup ZenkakuSpace
    autocmd!
    autocmd ColorScheme * call ZenkakuSpace()
    autocmd VimEnter,WinEnter,BufRead * let w:m1=matchadd('ZenkakuSpace', '　')
  augroup END
  call ZenkakuSpace()
endif
""""""""""""""""""""""""""""""


" https://sites.google.com/site/fudist/Home/vim-nihongo-ban/-vimrc-sample
""""""""""""""""""""""""""""""
" 挿入モード時、ステータスラインの色を変更
""""""""""""""""""""""""""""""
let g:hi_insert = 'highlight StatusLine guifg=darkblue guibg=darkyellow gui=none ctermfg=white ctermbg=darkgray cterm=none'

if has('syntax')
  augroup InsertHook
    autocmd!
    autocmd InsertEnter * call s:StatusLine('Enter')
    autocmd InsertLeave * call s:StatusLine('Leave')
  augroup END
endif

let s:slhlcmd = ''
function! s:StatusLine(mode)
  if a:mode == 'Enter'
    silent! let s:slhlcmd = 'highlight ' . s:GetHighlight('StatusLine')
    silent exec g:hi_insert
  else
    highlight clear StatusLine
    silent exec s:slhlcmd
  endif
endfunction

function! s:GetHighlight(hi)
  redir => hl
  exec 'highlight '.a:hi
  redir END
  let hl = substitute(hl, '[\r\n]', '', 'g')
  let hl = substitute(hl, 'xxx', '', '')
  return hl
endfunction
"""""""""""""""""""""""""""""

5.aliasの設定

aliasはいわゆる「別名」のことで、
コマンドやオプションの組み合わせなどに別名を付けることで
コマンド入力の代わりに別名で実行することが可能になります。
設定ファイルは「.bash_aliases」になります。

.bash_aliases

# lloading message
echo 'load file: .bash_aliases'

alias ls='ls --color=auto --show-control-chars --time-style=long-iso -FH'
alias al='ls -al --color=auto --show-control-chars --time-style=long-iso -FH'
alias less='less -XFN'
alias vi='vim -u NONE --noplugin '
alias .alias='vim ~/.bash_aliases && source ~/.bash_aliases'

# ssh
alias ssh_sample1='sshpass -p hogehoge ssh -p 22 sample1@sample1.com'
alias ssh_sample2='sshpass -p hogehoge -P "Enter passphrase for key" ssh -o StrictHostKeyChecking=no -p 10022 sample2@sample2.com -i /c/sample2/key/id_rsa_sample2'

# 再起動
alias reboot='exec $SHELL -l'

alias grep='grep --color'

6.functionsの設定

関数を定義します。
設定ファイルは「.bash_function」になります。

.bash_function

# Functions
echo 'load file: .bash_function'

# Functions for MSYS2 bash

# File download by SCP command.
function download()
{
    source=$1
    dest=$2
    host=$3
    port=$4

    if [ $# -eq 3 ]; then
        scp ${host}:${source} ${dest}
    else
        scp -P ${port} ${host}:${source} ${dest}
    fi
}

# File upload by SCP command.
function upload()
{
    source=$1
    dest=$2
    host=$3
    port=$4

    if [ $# -eq 3 ]; then
        scp ${source} ${host}:${dest}
    else
        scp -P ${port} $source} ${host}:${dest}
    fi
}

# charset convert
function wincmd() {
    CMD=$1
    shift
    $CMD $* 2>&1 | iconv -f cp932 -t utf-8
}

# Windows Command
alias ipconfig='wincmd ipconfig'
alias java='wincmd java'
alias composer='wincmd composer'
alias php='wincmd php'

# winpty command
alias mysql='winpty mysql'
alias netstat='winpty netstat'
alias netsh='winpty netsh'

# pingのコマンド名混同防止対策で絶対パス指定
alias ping='wincmd /c/windows/system32/ping'

# package list
function plist()
{
    pacman -Sl | grep 'mingw64'
}

# package information
function pinfo()
{
    pacman -Sii "mingw-w64-x86_64-$1"
}

# package install
function pinst()
{
    pacman -S "mingw-w64-x86_64-$1"
}

# package uninstall
function puninst()
{
    pacman -Rs "mingw-w64-x86_64-$1"
}

# others
function snow()
{
    clear;while :;do echo $LINES $COLUMNS $(($RANDOM%$COLUMNS));sleep 0.1;done|gawk '{a[$3]=0;for(x in a) {o=a[x];a[x]=a[x]+1;printf "\033[%s;%sH ",o,x;printf "\033[%s;%sH*\033[0;0H",a[x],x;}}'
}

function matrix()
{
    echo -e "\e[1;40m" ; clear ; while :; do echo $LINES $COLUMNS $(( $RANDOM % $COLUMNS)) $(( $RANDOM % 72 )) ;sleep 0.05; done|gawk '{ letters="abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789@#$%^&*()"; c=$4; letter=substr(letters,c,1);a[$3]=0;for (x in a) {o=a[x];a[x]=a[x]+1; printf "\033[%s;%sH\033[2;32m%s",o,x,letter; printf "\033[%s;%sH\033[1;37m%s\033[0;0H",a[x],x,letter;if (a[x] >= $1) { a[x]=0; } }}'
}

7.tmuxの設定

先ほどインストールしたパッケージの
tmux の設定を変更します。
設定ファイルは「.tmux.conf」です。

.tmux.conf

#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#  セッションオプション
#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#新しいウィンドウのベース番号
set-option -g base-index 1
#全てのベルを無視
set-option -g bell-action none
#各セッションで保持するバッファ数
#set-option -g buffer-limit 20
#256色端末を使用
set-option -g default-terminal "screen-256color"
#ウィンドウ履歴で保持される最大行数
set-option -g history-limit 5000
#Escapeキー入力時の待ち時間(0.5秒)をキャンセル
set-option -s escape-time 0

# vim colorscheme settings


#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#  ステータスライン
#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#status-left 及び status-right の非ASCII文字をUTF-8として扱う
#set-option -g status-utf8 on

#set-option -g status-left '#[fg=white,bg=blue][S:#S]#[default]'
#set-option -g status-right '#[fg=black,bg=cyan][CPU=#(getCpuUsage.sh) MEM=#(getMemUsage.sh)]#[fg=white,bg=blue][%Y/%m/%d(%a)%H:%M]#[default]'

set-option -g status-left '#[fg=black,bg=green][S:#S]#[default]'
set-option -g status-right '#[fg=black,bg=green][CPU=#(getCpuUsage.sh) MEM=#(getMemUsage.sh)]#[fg=black,bg=green][%Y/%m/%d(%a)%H:%M]#[default]'

set-option -g status-right-length 50
#set-option -g status-fg white
#set-option -g status-bg black
#set-window-option -g window-status-fg blue
#set-window-option -g window-status-bg black
#set-window-option -g window-status-current-fg white
#set-window-option -g window-status-current-bg blue

#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#  ウィンドウオプション
#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#ウィンドウを実行コマンド名で自動リネーム
set-window-option -g automatic-rename on
#スクロールモード、コピーモード、選択モードで vi のキーバインドを使う
set-window-option -g mode-keys vi
#ウィンドウで動作があるとステータスラインでハイライト
set-window-option -g monitor-activity on
#UTF-8 シーケンスが現れることに備える
#set-window-option -g utf-8 on

#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#  キーバインド
#+----------------------------------------------------------------------------------------+
#プレフィックスキーを設定
unbind-key C-b
set-option -g prefix C-j
bind-key C-j send-prefix

# prefix + r で設定ファイルを再読み込み
unbind r
bind r source-file ~/.tmux.conf

#ペインを水平・垂直分割
bind-key s split-window -h
bind-key v split-window -v
#h,j,k,lでペインを切り替え
bind-key h select-pane -L
bind-key j select-pane -D
bind-key k select-pane -U
bind-key l select-pane -R

8.コンテキストメニューへの追加

おまけとして、コンテテキストメニューにMSYS2 で開くみたいなのを追加して
作業したいフォルダで直接 MSYS2 が起動できるようにします。

レジストリエディタでキーを登録していっても良いのですが、
regファイルを作成したので、それをインポートする方法を記載します。
※本記事を参考にされる場合、レジストリの編集は自己責任でお願いします。

msys2.reg

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\msys2]
@="MSYS2 で開く"
"Icon"="\"C:\\msys64\\msys2.ico\""

[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\msys2\command]
@="\"C:\\msys64\\msys2_shell.cmd\" -where \"%V\""

[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\msys2]
@="MSYS2 で開く"
"Icon"="\"C:\\msys64\\msys2.ico\""

[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\msys2\command]
@="\"C:\\msys64\\msys2_shell.cmd\" -where \"%V\""

regファイルの記述で重要な点は
・先頭行にレジストリエディタのバージョンを指定
・キーごとに必ず空行を空ける。
の2点になります。

regファイルが作成できたら、レジストリエディタを開いて¹
[ファイル]→[インポート]
でインポートすれば、キーが登録されます。

登録した後は、任意のフォルダ等を右クリックすれば
コンテテキストメニューに「MSYS2 で開く」が表示され、
それをクリックすれば該当のパスで MSYS2 が起動するはずです。

Win + R で「ファイル名を指定して実行」を開き、regedit と入力して Enter。など ↩

MSYS2 +α - 構築手順・備忘録