Visual Studio Code 0.10.10のリリースノートを見てると、改行コードを変えられるようになったみたいでした。
A new setting
files.eolcontrols the default new line character when creating new files. It defaults to\r\non Windows and to\non Linux and OS X.
設定にこう書いておけば、Windowsでも改行コードがLFになります。
settings.json
{
...
"files.eol": "\n",
...
}
(gitの設定の方で解決するのがいいのかもしれませんけど。ベストプラクティスがよくわかりません…)