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VSCodeのExplorerからファイルを除外するにはfiles.exclude

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files.excludeというのがそれらしい。(参考:https://code.visualstudio.com/docs/getstarted/settings

Rユーザであれば、デフォルトに加えてknitrのキャッシュディレクトリとか.Rproj.userとかそのへんを入れておくとよさそう。

    "files.exclude": {

// knitr cache
"**/*_cache": true,

// RStudio cache
".Rproj.user": true,

// R files
".Rhistory": true
}