VSCodeのExplorerからファイルを除外するにはfiles.exclude

files.excludeというのがそれらしい。（参考：https://code.visualstudio.com/docs/getstarted/settings ）

Rユーザであれば、デフォルトに加えてknitrのキャッシュディレクトリとか.Rproj.userとかそのへんを入れておくとよさそう。

    "files.exclude": {
        // knitr cache
        "**/*_cache": true,

        // RStudio cache
        ".Rproj.user": true,

        // R files
        ".Rhistory": true
    }