BibDeskで文献管理

BibDeskとは？

BibDeskとはBiBTeXを使ったmacOS用のオープンソース引用管理ソフトウェアです。情報は全て.bibファイルに追加されるため、$\LaTeX$で\bibliographyコマンドを使ったときの出力元となる文献DBを効率的に作成・管理できます。
こういうことがしたかった▽

インストール・使い方

• ここからBibDeskをダウンロード

• $\TeX$ディストリビューションの１つであるMacTeXをダウンロードすれば付いてくるそうです。ディストリビューションについて、詳しくはここをご覧ください。

• BibDeskの使い方は詳しくは公式ホームページの "Help Book" を見るのが最短です。

環境

• macOS BigSur v11.1
• BibDesk v1.7.9
• TeX 3.14159265 (TeX Live 2020)

BibDeskの環境設定

上のインストールが終わったら、使い勝手を良くするために環境設定します。環境設定画面はこんな感じ。MacApp標準のCmd+,で開きます。環境設定についての説明は前述の "Help Book" の "Preference Guide" を見るのが最短だと思うのですが、備忘録も兼ねて私の主要な変更点を載せておきます。

General

Application Launch ではBibDesk起動時に何を開くかを設定できます。私のメインのクラウドストレージサービスはiCloudなため、以下のような構造を作ることにしました。文献情報は全てlibrary.bibファイルに格納し、文献ファイルを0001_papersディレクトリ下に追加させてゆく単純な仕組みです。

~/
  └─ Documents/
     └─ 0001_papers/
        ├─ bib/
        │  └─ library.bib
        ├─ paper00001.pdf
        ├─ paper00002.pdf
        ├─ :
        └─ paper99999.pdf

TeX Preview

TeXプレビューの設定を行います。TeXプレビュー機能を使用するには、事前にパソコンにTeXをインストールしておく必要があります。TeXプログラムの在処はインストール方法により異なりますが、TeX Live 2020またはMacTex-2020をインストールした場合、基本的に/usr/local/texlive/2020に保存されます¹。

Fields

Custom BibTeX Fields は、新しい文献を追加する際にデフォルトとなるフィールドをカスタマイズできます。フィールドの型は以下の通り。

型	説明
Textual	普通のテキストフィールド
Local File	ローカルファイルにリンクするフィールド（非推奨）
Remote URL	リモートURLにリンクするフィールド（非推奨）
Boolean	引用された論文を呼んだかどうか知らせるReadフィールドのようなブール値のスイッチ
Three-value	Yes, No, Mixedのように3つの値を持つスイッチ
Rating	0-5の間の評価値
Citation	citeキーを使って他の文献へのリンクを保持するフィールド
Person	Authorフィールドのように人を含むフィールド

日本語版BibTexであるpBibTeXは、日本語表記の著者名をauthorフィールド、ローマ字による読みをyomiフィールドとして読み取ります。一方、BibDeskのデフォルトではyomiは含まれません。ということで、yomiフィールドを追加。さらに、doi²フィールドもデフォルトにしたほうが良いということなので³、is Defaultにチェックマーク。

Cite Key

Cite Key Autogeneration にチェックを入れると、文献追加時にCite Keyフィールドが空欄でも自動的にCite Keyを生成してくれます。自動生成されるCite Keyのフォーマットは下の Cite Key Format で変更できます。

Cite Key Format の初期値は%a1:%Y%u2となっています（多分）。これは Autogeneration Format Syntax（以下、Syntax） と呼ばれ、自分でカスタマイズすることができます。例の如くここで説明されています。Syntaxを変更すると、Previewで即座に生成例が表示されます。
しかし、挙動を見る限り、この自動生成機能は日本語には非対応なようです。日本語を入力すると中国語読みに対応したローマ字に変換して生成されてしまいます（例えば「村尾」だと "Cunwei" と変換される）。何か解決策がありそうな気もしますが、CiNiiやNDLからbibファイルを入れるとCite Keyが初めから設定されてるので、とりあえず放置…。

AutoFile

Auto File Options では、文献ファイルがデータベースに紐づけられたとき、自動的に移動させたいディレクトリを指定することができます。ファイルを追加した都度、移動させる場合は、File papers automatically ボタンをオンにします。このとき、Cite Keyのときと同様にファイル名を任意の名称に変換することもできます。フォーマットは下の Local File Format で、Syntaxを使って指定できます。
Cite Keyのときは日本語が勝手に中国語読みに対応したローマ字に変換されましたが、ここではちゃんと日本語に変換されました。
ちなみに、現在の私の設定は%p[;][;etal]2(%Y%u1)%t20%eとしています。これは、著者(編集者)数が３人未満の時は"McCracken;Maxwell(2004a)BibDesk, a great app.pdf" = 「著者名1;著者名2(年a)タイトル20文字.拡張子」となり（aはユニーク文字）、３人以上の時は、 "McCracken;Maxwell;etal(2004a)BibDesk, a great app.pdf" = 「著者名1;著者名2;etal(年a)タイトル20文字.拡張子」となるSyntaxです。ファイル名としてはいかがなものかと思いますが、Spotlight検索をかけた時の視認性を重視しました。

TeXファイルで引用できるようにする

TeXがbibファイルを読み込めるように、texmf-local/bibtex/bib/にシンボリックリンクを作成します。ターミナルを開いて、以下のコマンドを実行（USER_NAMEはホームディレクトリ名に変えてください）。

sudo ln -s /Users/USER_NAME/Documents/0001_papers/bib/library.bib /usr/local/texlive/texmf-local/bibtex/bib

ls-Rファイルを書き換えます。

sudo mktexlsr

iOSから文献リストを見る

ReferencesというAppを見つけました。閲覧専用で新規エントリはできませんが、有用なAppです。
「References」をAppStoreで

その他の備忘録

• 日本人のAuthorフィールドには姓,名または名 姓と入力する（伝統的には名,姓または姓 名だったが、CiNiiやNDLのデータは前者の形式で配布されており、前者の形式に対応したbstファイルが配布されることが多くなっているため）

最後に

記事についての誤りのご指摘やアドバイス等あればお待ちしております。

1. TeX Live/Mac - TeX Wiki ↩

2. DOI(Digital Object Identifier; デジタルオブジェクト識別子)のこと。 ↩

3. 日本語の論文もBibDeskで整理 – Smartnova ↩