文字コード色々調べて最終的にたどり着いたのは
nkfコマンド
[file name]に変換したいファイル名を入れる。
ここに[*]を入れると
カレントディレクトリ全てを変換できるのでとても便利でオススメ！
権限がなければ
Can't set permission xxx.txt
など出てきますが変換は完了していることがあったりします。
Linux -> Windows
$ nkf -sLw --overwrite [file name]
$ cd test
$ nkf -sLw --overwrite *
Windows -> Linux
$ nkf -Lu -x -w80 --overwrite [file name]
$ cd test
$ nkf -Lu -x -w80 --overwrite *