USB-SSDを買ったのですが、その使い道には少し悩みます。
・普通にデータ用（exfat）
・WindowsPE起動可能＋データ用（NTFS）
・WindowsPE起動可能＋データ用（FAT32）
本当はexfatでブートできればいいのですが、基本的にはできないようです。UEFIによっては可能なのとかあるのかもしれませんが、少なくとも私のマシンではできませんでした。かといってあまりシステム以外をNTFSにしたくもないし、大容量ドライブをFAT32にするのもなんかしっくりきません。
そのほかの解決方法も少し考えてみました。
・先頭のパーティーションをFAT32でブート、2番目をexfatでデータ用。
長所は、容量とフォーマット的にはしっくりくること。短所は、１．作り方。一度FAT32で作って、EaseUSとか何か使ってパーティーションを縮めてもう一つパーティーション作る必要がある。２．ドライブが
二つできてしまうので挿したときに2つ開いてしまう。かといってブート側を非表示にするとブート時にも中を見れない（ブート自体はできる）。
ちなみに、複数パーティーションのUSBメモリを読めるのはWin10の1709以降くらい？ですので注意。USB-HDD/SSDの場合はWin7とかでも読めます。
まぁでも面倒であれば普通にexfatでいいとは思いますけどね。ブートは余ったUSBメモリに任せて。
＜番外＞
殻をむいてsataにして、いまだにHDD搭載しているマシンを換装するという手もあるかと思います。もちろん保証外ですが、使われずに捨てるとかよりはマシなのでは。