WindowsPEについてググってみると、"アプリケーション組み込み"とか一緒に出てきたりします。昔、BartPEの時代から続く課題だったりするんですよね...
このQiitaでも挑戦＆解説しておられる方もいます。
しかしです。
現代では後からでもどうなるとも言えます。というのも、DVDよりもUSBメモリに作る方が主流だから(?)です。普通のPortableなソフトをコピーすればいいのです。
WinPtchXなら楽に導入できる
ダイマタイムスタートです笑。Windows10/8.1ベースWindowsPE作成ツールのWinPtchXはアプリケーション追加の仕組みを搭載しているのです！（とは言いつつただ単に途中でxcopyしているだけですけどね。1903.1から搭載。）
ダウンロードして解凍するとこのように出てきます。pex.exeがGUIです（exeはフロントエンドとして、実際の作成はpex.cmdなどが担っています）。copy2peフォルダ内がアプリ追加のための場所です。
ファイル作成が思いっきり失敗していますが気にせずに...
・cdフォルダが、DVDやUSBメモリ直下にコピーされるフォルダ
・programfilesフォルダはその通りProgram Filesフォルダ
・system32はシステム関連。パーティーション系とかで必要な時も
・syswow64はまず使いませんが、一応用意。
・regファイルはレジストリを追加する必要があるときに。
cdフォルダにportableなアプリたちを追加してみます。
PE作成については特に説明するまでもありません。
PEを起動してみる
（実機起動は面倒なので、当然のように仮想マシンを使用）
ファイラーのQ-Dirを開いたところです。
なぜかはわかりませんが、Win10ベースのPEはドラッグ＆ドロップができません（WinPtchX使用は関係なく、公式の作り方でもそうなります。Win10PESEなら回避できます） なので、ファイルコピーの際は右クリックやCtrlCと貼り付けやCtrlVを活用ください。表示もすぐに更新されないのでF5で更新をお勧めします。
これはboot.wim内に組み込んだultravnc。先に作成した際にprogramfilesフォルダにコピーしておくとこうできます。
先にcdフォルダに入れたほうはこうなっています。CPU-Zを起動したところですね。ランタイム依存がないアプリは起動できるものが多いですね。
WinPtchXの弱点
・一見すると何やっているかよくわからない
・パッケージの組み込みが原則できない
・そのためごく一部ツールが起動できない、挙動がおかしいこともある(公式の方法でもパッケージを入れない場合は同様ですけどね)
・それを回避するため、WindowsインストールDVDをベースに作成する考え方もある
PE上ではwow64は効かない
PEマニアの方々なら常識ですが、一般には意外と認知されていないかもしれないこと。WinPEでは原則wow64を搭載していないため、64bitPE上で32bitアプリを起動することはできません。もちろん32bitPEでも64bitアプリは起動できません。
ただし。Win10PESEなど複雑なツールを使い、wow64を組み込めば32bitアプリを動かすことは可能です。この辺りはまた別の機会に。