※コメントにて複数指摘を頂いている記事です。
ひとまず取り下げることはしていませんが、あくまで参考程度に留め置いてくださいませ。

前提

FuelPHPの内の特定メソッドをcronで動かす
同じFuelPHP内にユーザーがアクセス可能なメソッドがある
cron用のメソッドをユーザーとかクローラに踏まれたくない

大人しくFWごと分ければいいんですけどcronで動かすコントローラが一個だったので横着、もとい、サーバー容量の節約ということで上記課題をクリアします(´@ω@｀)

Basic認証を使ってみる

cron.php

    public function before(){
		 parent::before();
        switch (true) {
            case !isset($_SERVER['PHP_AUTH_USER'], $_SERVER['PHP_AUTH_PW']):
            case $_SERVER['PHP_AUTH_USER'] !== 'admin':
            case $_SERVER['PHP_AUTH_PW']   !== 'test':
                throw new HttpNotFoundException;
        }
    }

エラー部分についてBasic認証でよく見る書き方は以下

basic.php

	header('WWW-Authenticate: Basic realm="Enter username and password."');
	header('Content-Type: text/plain; charset=utf-8');
	die('このページを見るにはログインが必要です');

なんですが、
今回は間違えて訪れたユーザーにダイアログとか表示したくなかったので上の書き方にしました。
（上：FuelPHP、下：PHPなので少々構文違いますが、脳内で補完してください）

ところが

URLにIDとパスを組み込む形 http://admin:test@example.com が使えない！という事態に陥りました。
$_SERVERの中にIDもパスも入ってないんですな。そういえばFuelのアクセス先って全部index.php？そのせい？と思ったんですが、あんまり調べずに手を変えました。
動けばよかろうなのだ(｀@ω@´)

アクセス元を判定してみる

cronは同サーバー内に設定する（これもFW都合でwget --spider使うんですけど）ので、自分と同じIPからのアクセスなら通常処理、そうでなければ404という形に書き換え。

cron.php

    public function before(){
        parent::before();
        if($_SERVER['REMOTE_ADDR']!=$_SERVER['HTTP_HOST']){
            throw new HttpNotFoundException;
        }
    }

サーバー内からwget打ったらこれで動いたんでオッケーオッケー。