Windowsのマルチモニタ環境でBlenderを使用している時に
以前は起動時に開くウインドウはプライマリモニタ内だったものが
2.9のある時からセカンダリモニタで開くことがあるようになっているようです

根本的な対策ではないのですが　対処法があったので記録しておきます。

ショートカットの設定

Blenderをコマンドラインから起動する場合には起動時に設定を変更するオプションがあります

また、Windowsのショートカットのプロパティの「リンク先」の項目にこういったオプションを記述すると
コマンドプロンプトでオプションを記述して起動した時と同じ挙動になるようです

これを利用します。

ウインドウを制御するオプション

上記のCommand Line Argumentsによると

-p, --window-geometry
Open with lower left corner at , and width and height as , .

というオプションが書かれています。
これは

-p 100 200 1200 800

とオプションを記述するとディスプレイの左下基準に
横100pixel 上200pixelの位置に　幅1200 高さ800のウインドウを開く　という設定になります

どうやら　セカンダリモニターも含めた左下位置が基準になるようです。

また面白いことに　複数のディスプレイにまたがるような左下位置とウインドウサイズを指定した場合には
半分以上入っているディスプレイでウインドウが開くようです。

ですので　Full-HDを上下に2枚の並べている私の環境ではショートカットをこのように設定しました

実行ファイルのあるパスの後ろに半角スペースを空けて

-p 0 600 1900 1200

と追記しています

さらに　-M と入れるとフルスクリーンで起動するようです。

アプリの起動はタスクバーからする場合も多いかと思うので
そちらの設定を変更してみます。
タスクバーに登録している項目は

C:\Users[ユーザー名]\AppData\Roaming\Microsoft\Internet Explorer\Quick Launch\User Pinned\TaskBar

にショートカットが登録されているようです。
また、スタートメニューは

C:\Users[ユーザー名]\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs

の中にblenderフォルダがあってその中に同様にショートカットがあります
それぞれを上記のように　オプションを追記すれば狙った場所に起動できるのが確認できました

参考になれば幸いです。