WKWebView で表示したものをいじりたい場合、値を取得したい場合などは、以下で JavaScript を実行すればよいです。

func evaluateJavaScript(_ javaScriptString: String, completionHandler: ((Any?, Error?) -> Void)? = nil)

ただ、上記の実行は、表示が完了してからでないとできません。
例えば、消したい要素がある場合、一瞬表示されてから消えることになります。

対応策

下記のようにすることで、上述の問題は発生しません。
例えば、消したい要素がある場合、最初から消されて表示されます。

let script = WKUserScript(source: "JavaScriptコード", injectionTime: .atDocumentEnd, forMainFrameOnly: true)

// 既に WKWebView インスタンス生成済み
webView.configuration.userContentController.addUserScript(script)

// WKWebView インスタンス生成時に適用
let controller = WKUserContentController()
controller.addUserScript(script)
let configuration = WKWebViewConfiguration()
configuration.userContentController = controller
let webView = WKWebView(frame: view.bounds, configuration: configuration)

JavaScriptコード 部分は各自でお願いします。
例えば下記のような感じです。

JavaScript

var element = document.querySelector('.classname');
element.style['margin-top'] = '0';

参考

CSS の操作で、 display: none; にしたいだけであれば、 WKContentRuleListStore を使用したほうが良いのかなと思います。簡単ですし。

詳しくは下記の記事をご参考にどうぞ。
https://qiita.com/ShingoFukuyama/items/d9b7dd86a9a4bfdc6b22

環境

Swift 4.2

参照

https://teratail.com/questions/113681
https://qiita.com/takecian/items/9baf7e2bd611aac4791d