1. サイト本体をAMP対応させる
Amplifyという専用テーマがあります。
これを元にデザインをカスタマイズしても良いし、AMP StartやAMP Templatesで配布されているテーマをJekyll用に改造しても良い。
だたしこの方法は、スクリプトなどを多用しているサイトには不向きです。
サイト全体をモバイルファーストにして、複雑なギミックなどはすべて捨てる覚悟が必要。
2. サイト本体とは別にAMPページを出力する
私は本体のデザインが捨てがたかったので此方を採用。
この場合は、amp-jekyllというプラグインを導入します。gemでインストールすることもできます。
これは指定したフォルダにAMP対応ページを別途出力してくれるプラグインです。
URL構造は通常ページの前に指定したディレクトリ名が付きます。（WordPressのAMPプラグインだと最後にディレクトリやクエリがつくので逆です。）
付属のAMPページ用テンプレートはカスタマイズ前提なのでご注意ください。
先のセクションで紹介したテンプレートサイトから好きなのを持ってきてJekyllのレイアウトファイルにしてしまうのが簡単だと思います。
AMPが正しく動くかチェック
AMPは一つでもエラーがあるとGoogleがキャッシュしてくれず、検索結果には表示されません。（通常ページが表示されます。）
生成後は必ずAMPBenchでエラーがないかチェックしましょう。