（13/05/09 10:47追記）
編集リクエストで取り消し線対応について教えてもらいました。ありがとうございます！
（<s>しか試してなかった。。）
<del>～</del> で取り消し線がつきます。
（13/05/09 8:54追記）
コメントいただいて気づいたことがあったので追記します。（ありがとうございます！）
注釈機能はQiitaではサポートされていないようです。
このやり方は、リンクを使って無理矢理注釈のように見せているだけです。なので、注釈のリンクをクリックしても404になります。（リンク先を注釈の文として扱っているため）
（そして取り消し線にもQiitaは対応していないことに今気づいた）
Qiita Markdown?に見当たらなかったのでメモ。Kobitoに元から入ってるチートシートに書いてあったかどうか忘れましたが、Kobito使わずに書くこともあるので（イマココ）。前回の記事で使ったやつの抜き出しです。
Sandbox用のアカウントを作成する必要があります。1
↑のように出すにはこうする。
Sandbox用のアカウントを作成する必要があります。[1]
[1]: アカウント作成方法はAPIキーをもらったメールに書いてあるのでそちらを参照。やることは普通のEvernoteアカウント作成と変わりません。
ただし、はてなみたいに記事の下に注釈の一覧が出たりはしない。まあポップアップで出てくれればいいかなあ、という感じで使っています。