OpenMPIを使う in Julia 1.0

最新版OpenMPIのインストール on Ubuntu 16.04

［20180908：追記］
gfortranをインストールする。これを忘れるとMPI.jlのビルドでfortran関連のエラーが出る。

Shell

$ sudo apt-get install gfortran

［20180908：追記ここまで］

Ubuntu 16.04に以下のコマンド

Shell

$ sudo apt install openmpi-doc openmpi-bin openmpi-dev

でOpenMPIをインストールした後に、Julia 1.0でMPI.jlのビルド中に以下のエラーが出た。

Error: Symbol 'mpi_no_op' at (1) has no IMPLICIT type

ここを参考にすると、どうやらapt installで入るOpenMPI(v1.8.x)が古いことが原因のようである。よってOpenMPIの公式サイトからソース（openmpi-3.1.2.tar.gz）をダウンロードしてインストールする。以下にその手順を示す。

Shell

# OpenMPIの最新版インストール
$ ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-3.1.2 --enable-mpi-cxx --enable-mpi-cxx-seek  CC=gcc CXX=g++
$ make -j 4 all 2>&1 | tee make.log
$ sudo make -j 4 install 2>&1 | tee install.log

# .bashrcに追記
$ vi .bashrc
MPIROOT=/usr/local/openmpi-3.1.2
export PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPIROOT/lib
export MANPATH=$MANPATH:$MPIROOT/share/man

# テスト
$ mpiexec -np 4 echo Hello

MPI.jlのインストール on Julia 1.0

JuliaのREPLでMPI.jlをaddしたあとに、以下のhello_mpi.jlでテストを実行する。

hello_mpi.jl

using MPI

function main()
    # initialize
    MPI.Init()

    # establish the MPI communicator and obtain rank
    comm = MPI.COMM_WORLD
    rank = MPI.Comm_rank(comm)

    # wait not to be mixed
    sleep(rank*0.1)
    println("Hello! I am rank $(rank).")

    # finalize
    MPI.Finalize()
end

main()

コマンドは以下の通り。

Shell

$ mpiexec -np 4 julia hello_mpi.jl

各プロセスから応答が確認できれば完了である。お疲れ様でした。