Galaxy

Galaxy用のツールを開発してみる

この記事の概要

  • バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発の記事です。
  • 前回の記事で構築したDocker版Galaxy環境でツールを開発してみます。
  • Galaxy用のツール開発支援ツールのplanemoを利用してみます。

準備

planemo のインストール

Docker版Galaxy環境にplanemoをインストール

コンテナを起動

$ docker run --name galaxy -d -p 8080:80 \
 --volumes-from galaxy-store \
 --privileged=true \
 -e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
 -e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
 bgruening/galaxy-stable

コンテナにログイン
$ docker exec -it galaxy /bin/bash

planemoのインストール

# pip install planemo
# planemo --version
planemo, version 0.49.2

コンテナ内にツール開発用のディレクトリを作成
# mkdir /local_tools

コンテナから抜けて今までの変更をコミットして新しいイメージを作成、最初のコンテナは削除

# exit
$ docker stop galaxy
$ docker commit galaxy galaxy-stable:20180510
$ docker rm galaxy

作成したイメージで再度コンテナを起動。
ホストのツール開発用のディレクトリでコンテナ起動し、ツール開発ディレクトリにマウント

$ docker run --name galaxy -d -p 8080:80 \
 -v `pwd`:/local_tools \
 --volumes-from galaxy-store \
 --privileged=true \
 -e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
 -e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
 galaxy-stable:20180510

ホストのカレントディレクトリのパスに空白や日本語が含まれるとエラーになるので注意

plnemoを起動

$ docker exec -it galaxy planemo --version
planemo, version 0.49.2

ツール開発

ツール開発の概要を説明

R/Bioconductorを使うツールの場合

対象ツール

RNA-Seq解析に使われるkallistoの結果を解析するRのパッケージsleuthをGalaxyで動かす簡単なツールを開発してみます。

bioc-galaxy-integrationを参考にまずsleuthを動かすRスクリプトを作成します。今回使うRスクリプトはr-sleuth.Rです。

手順

作成中

参考