Galaxy
bioinformatics
Planemo

Docker版Galaxyにツール開発用のplanemoをインストール

この記事の概要

  • バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発の記事です。
  • 前回の記事で構築したDocker版Galaxy環境でツールを開発するための環境を構築します。
  • Galaxy用のツール開発支援ツールのplanemoを利用してみます。

planemo のインストール

Docker版Galaxy環境にplanemoをインストール

コンテナを起動

$ docker run --name galaxy -d -p 8080:80 \
 --volumes-from galaxy-store \
 --privileged=true \
 -e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
 -e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
 bgruening/galaxy-stable

コンテナにログイン
$ docker exec -it -e COLUMNS=200 -e LINES=50 galaxy /bin/bash

ターミナルで文字列が変に折り返されないように-e COLUMNS=200 -e LINES=50をつける

planemoのインストール

# pip install --upgrade pip
# pip install planemo
# planemo --version
planemo, version 0.49.2

コンテナ内にツール開発用のディレクトリを作成
# mkdir /local_tools

コンテナから抜けて今までの変更をコミットして新しいイメージを作成、最初のコンテナは削除

# exit
$ docker stop galaxy
$ docker commit galaxy galaxy-stable:20180510
$ docker rm galaxy

作成したイメージで再度コンテナを起動。
ホストのツール開発用のディレクトリでコンテナ起動し、ツール開発ディレクトリにマウント

$ docker run --rm --name galaxy -d -p 8080:80 \
 -v `pwd`:/local_tools \
 --volumes-from galaxy-store \
 --privileged=true \
 -e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
 -e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
 galaxy-stable:20180510

ホストのカレントディレクトリのパスに空白や日本語が含まれるとエラーになるので注意

plnemoを起動

$ docker exec -it galaxy planemo --version
planemo, version 0.49.2

これでplnemoを使う準備が完了

参考