この記事の概要
- バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発の記事です。
- 前回の記事で構築したDocker版Galaxy環境でツールを開発するための環境を構築します。
- Galaxy用のツール開発支援ツールのplanemoを利用してみます。
planemo のインストール
Docker版Galaxy環境にplanemoをインストール
コンテナを起動
$ docker run --name galaxy -d -p 8080:80 \
--volumes-from galaxy-store \
--privileged=true \
-e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
-e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
bgruening/galaxy-stable
コンテナにログイン
$ docker exec -it -e COLUMNS=200 -e LINES=50 galaxy /bin/bash
ターミナルで文字列が変に折り返されないように-e COLUMNS=200 -e LINES=50をつける
planemoのインストール
# pip install --upgrade pip
# pip install planemo
# planemo --version
planemo, version 0.49.2
コンテナ内にツール開発用のディレクトリを作成
# mkdir /local_tools
コンテナから抜けて今までの変更をコミットして新しいイメージを作成、最初のコンテナは削除
# exit
$ docker stop galaxy
$ docker commit galaxy galaxy-stable:20180510
$ docker rm galaxy
作成したイメージで再度コンテナを起動。
ホストのツール開発用のディレクトリでコンテナ起動し、ツール開発ディレクトリにマウント
$ docker run --rm --name galaxy -d -p 8080:80 \
-v `pwd`:/local_tools \
--volumes-from galaxy-store \
--privileged=true \
-e GALAXY_CONFIG_ENABLE_BETA_MULLED_CONTAINERS=True \
-e ENABLE_TTS_INSTALL=True \
galaxy-stable:20180510
ホストのカレントディレクトリのパスに空白や日本語が含まれるとエラーになるので注意
plnemoを起動
$ docker exec -it galaxy planemo --version
planemo, version 0.49.2
これでplnemoを使う準備が完了