もしかして: Xcodegenをお使いではありませんか? もしくは、Crashlyticsのスクリプトをかなり序盤で使っていませんか?
原因
Fabric/runは、cocoapodのスクリプトの後に走らせないといけないところを、xcodegenでは必ず最後にcocoapodsのスクリプトを最後に走らせる暗黙の仕様があるので、問題が発生している。
解決方法
以上の記事にも書いてあるが、こんな感じでPodfile内にbuild phaseスクリプトを書けるドンピシャの機能があるので、これで実行順序を保証しつつ解決できる。もちろんXcodegenの機能で解決できるのが一番良いので、本体のGitHubにPR出すのが良さそう。
Podfile
target 'Project' do
pod 'Fabric', '~> 1.10.2'
pod 'Crashlytics', '~> 3.13.3'
script_phase :name=> 'Fabric',
:script=> '"${PODS_ROOT}/Fabric/run"',
:input_files=> ['$SRCROOT/$PRODUCT_NAME/$(INFOPLIST_PATH)']
end