USCF Chimera使ってpdbファイルからかっこいいタンパク質画像を表示する。

USCF Chimeraをダウンロードする。
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

Chimeraを開き、File→Openからタンパク質pdbファイルを読み込む。

Favorite→Comannd Lineでコマンドラインを読み込む

下の行にコマンドラインが表示されるのでそこに

set bg_color  white

と入力し背景を白くする。

α-helixの部分を赤くする。

color red helix

β-sheetの部分を青くする。

color blue strand

基質部分を強調する。Select→Residue→all nonstandardで基質を選択。

基質原子をボールで表示する。Actions→Atom/Bonds→sphereを選択。

もしそれでも原子が大きくならない場合 (金属イオンなど、、、) Actions→Inspectを選択し、radius:の数字を大きくする。

完成図はこのようになる。