#DSSPについて#
DSSP (水素結合推定アルゴリズム) とは、タンパク質のアミノ酸に2次構造を割り当てるためのアルゴリズムである。詳しくは↓
https://ja.wikipedia.org/wiki/DSSP_(水素結合推定アルゴリズム)
タンパク質の原子構造ファイル (拡張子 : PDB)から簡単にどの部位がhelix,strand,loop structureなのかを特定する事ができる。pdb については詳しくは↓
https://ja.wikipedia.org/wiki/蛋白質構造データバンク
使い方は主に３種類ある。1つ目はOS関係なしにインターネット接続があれば使えるweb サーバを使って行う方法である。DSSPのソースコードは以下のサイトを使って得る事ができる。↓
https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp/
#やり方1 : webサーバを使ってやる方法#
この下の行の方にweb サーバを使った言及がありそこをクリックすると以下のサイトに行く。↓
https://www3.cmbi.umcn.nl/xssp/
ここで、Outputの部分でDSSPを選択、Inputの部分をPDB Fileにし、
Enter a PDB code からファイルからpdbファイルをアップロードする。
そしてsubmitをクリックすると結果が出力される。
結果を見ると、
# RESIDUE AA STRUCTURE BP1 BP2 ACC N-H-->O O-->H-N N-H-->O O-->H-N TCO KAPPA ALPHA PHI PSI X-CA Y-CA Z-CA CHAIN AUTHCHAIN
という行が途中で現れ、その下にある、部分に二次構造データが含まれている。詳しくは以下の画像の赤斜線部分である。
ここで様々なアルファベットが羅列されているが、8種類の二次構造が割り当てられる。
ヘリックス（G、H、I）、ストランド（E、B）、ループ構造（S、T、C; Cは空白で表わされることもある）
空白行はループ構造である。
#やり方2 : Mac Userおすすめ homebrew コマンドを使ってインストールしてやる方法#
Terminal上で、
brew install brewsci/bio/xssp
と入力すると、使えるようになるこれはmkdsspコマンドが入っており、terminal上でpdbがあるディレクトリ上で、
mkdssp -i [pdbファイル名].pdb -o [出力したいファイル名].arg
とコマンドを打つと、[出力したいファイル名].argに結果が出力され、やり方1で得られたものと同じ結果が得られる。
#やり方3 : Centosでやる方法#
やり方2とほぼ同じ方法であるが、インストールする際にyumコマンドを使ってインストールする。これはバージョンが古いが問題はない (はず)。
yum -y install dssp
とうてばmkdsspコマンドが使えるようになる。
#参考文献#
https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch06/dssp.html