結論

VSCodeのsettings.jsonに下記のようにコードを追記し保存する。

{
    ... // 他の設定に関するコードは省略。
    "markdown.extension.toc.updateOnSave": false,
}

解説

マークダウンファイル内の見出しへのリンクを箇条書きリストにした目次のことをTOC(Table Of Contents)という。
VSCodeの拡張機能Markdown All in Oneをインストールしていて、マークダウンファイル内にTOCを自作していると、マークダウンファイル保存時にTOCを自動修正してくれる。

自動修正後のTOCではなく、自作したTOCのまま保存したい場合はVSCodeの設定ファイル(settings.json)で拡張機能Markdown All in OneのTOCの保存時の自動修正に関する設定項目("markdown.extension.toc.updateOnSave")にfalseを設定すると、自動修正されないようになる。