件名の通り。
インスタンスを作ってログインし、sshでgit cloneしようとしたら詰まった。
出たエラーは

git@github.com: Permission denied (publickey).
fatal: Could not read from remote repository.

原因は最初にパーミッションエラーが出た際、それを回避しようとしてsudoを付けたことだった。
今まで
「sudoをつけてコマンドを叩く = root権限でコマンドを実行」
だと思っていたのだが
実際は
「sudoをつけてコマンドを叩く = rootユーザーでコマンドを実行」
だったらしい。
なので現ユーザー配下に作成した鍵(id_rsa)ではなくrootユーザーの鍵を見に行って失敗していた模様
解決策としては

rootユーザーの.ssh配下に鍵を配置する
現ユーザーのユーザーグループcloneしたいディレクトリのパーミッションを変更してsudoなしでコマンドを叩く

2の場合は

su - 
sudo usermod -a -G root ユーザー名
cd ..
chmod 775 ディレクトリ名

でOK。
1が無難な気がする。