npm run(npm scripts)を経由すると200msから300msぐらい遅いので対策する

package.json

  "scripts": {
    "sleep": "sleep 1",

npm run sleep

real	0m1.365s
user	0m0.238s
sys	0m0.066s

sleep 1

real	0m1.008s
user	0m0.001s
sys	0m0.004s

環境によりますが200msから300ms程度オーバーヘッドが増えます
開発者体験のほか、CI/CDにも影響が出てきます。塵も積もればコストとなります

気になる方は自分たちのscriptsで検証してみましょう

対策

npm scriptsを使わず、直接実行しましょう。

単純なコマンドならscriptsに記述したものを直接実行する。
npmでインストールしたパッケージをcliで使う場合、
./node_modules/.bin/各種パッケージで実行できます
もしくは./node_modules/.binにPATHを通しましょう

もちろん高速化と引き換えに運用管理面で手間が増えるのでトレードオフです

npm runを実行する時点で大量にロードが発生することが原因です
技術的な詳細は以下のリンクを確認ください
https://marvinh.dev/blog/speeding-up-javascript-ecosystem-part-4/

対策にならない例

pnpm経由にする

検証したところnpmは経由しなくてもJSのcliツール関係のロードが多いことは変わらないので結局時間がかかる

DenoやBunは未検証です