論文のデータを用意する中でなかなか検索してもヒットしなかったので、ここにメモ程度に。
ただ、これ以外に色々なところでエラーが出るので、万能薬ではないです。とりあえず試してみる的にお考えください。

1: 環境

OS: WIndows 10
QGIS: 2.18.13

2: 全体的な作業

作業自体はとても簡単です。特殊なプラグインは必要ありません。
プロセッシングツール内のものは使います。
全体的な作業は以下のような流れになります。

ここでは、どのジオメトリがおかしなことになっているか確認します。

ツールバー内にある、
ベクタ＞ジオメトリツール＞妥当性のチェック
（バージョンによっては”整合性のチェック”になっているかも？未確認です。。。）

を選択。
ここで、おかしなことになっているレイヤーを選択し、実行。

そのまま実行すると、レイヤーには
妥当な出力、不正な出力、エラー出力、の３つの一時的レイヤーができます。

3.1でできた不正な出力を修正していきます。

プロセッシングツールボックスで、v.buffer.distanceを実行します。
（プロセッシングツールボックスで検索してみてください。GRASS GISコマンド＞Vector内にあるかと思います。）

ここで変更点は、Buffer Distanceを0に変更します。

実行後、Bufferレイヤーができて、不正なジオメトリ―を修正できました。

3.1でできた妥当な出力と、3.2でできたBufferを、
ベクタ＞空間演算ツール＞統合 で一つのレイヤーにしましょう。
完成です。

こちらの方法でも対処できないものも結構ありました。
徐々に更新できればと思ってます。
最後までありがとうございました。