PDI(Pentaho Data Integration)からJDBCを使ってAzure SQL Data WarehouseにAzure Active Directory認証で接続できましたのでその方法をまとめておきます。
#必要となるJDBCドライバー、ライブラリ

上記のJDBCドライバー(今回はmssql-jdbc-7.0.0.jre8.jarを使用)と、adal4j(今回はadal4j-1.6.3.jarを使用）と必要な依存関係ファイルをJavaのclasspath上に配置します。

#JDBC設定

接続URL
jdbc:sqlserver://[SERVERNAME].database.windows.net;databaseName=[DBNAME];authentication=ActiveDirectoryPassword;encrypt=true;trustServerCertificate=false;hostNameInCertificate=*.database.windows.net;loginTimeout=30
ドライバークラス
com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver

#Pentahoの接続の作成

#参考にした情報