デフォルトのboxplotのノッチは，

MathWorks 箱ひげ図より
区間がオーバーラップしない場合、2 つの中央値は 5% の水準で有意差があります。区間の端点は、刻みまたは三角形のマーカーの中心の極値です。極値は q2 – 1.57(q3 – q1)/sqrt(n) と q2 + 1.57(q3 – q1)/sqrt(n) に対応します。ここで、q2 は中央値 (50 番目の百分位数)、q1 と q3 はそれぞれ 25 番目および 75 番目の百分位数であり、n は NaN 値を含めない観測値の数です。標本のサイズが小さい場合、刻みはボックスの端を超える可能性があります。

とのこと．

それぞれの中央値を1%の水準で有為差比較するノッチを作るため，（意味違うけど）q4とq5という変数に，それぞれ5番目および95番目の百分位数を保存しておき，ノッチの上端と下端を q2 – 1.57(q5 – q4)/sqrt(n) と q2 + 1.57(q5 – q4)/sqrt(n) とした．

diff置いとく．

boxplot.m.diff

--- /Applications/MATLAB_R2012a_Student.app/toolbox/stats/stats/boxplot.m.orig	2014-03-22 12:24:26.000000000 +0900
+++ /Applications/MATLAB_R2012a_Student.app/toolbox/stats/stats/boxplot.m	2014-03-24 15:32:15.000000000 +0900
@@ -2097,6 +2097,8 @@
 boxidx.q1 = nan;
 boxidx.q2 = nan;
 boxidx.q3 = nan;
+boxidx.q4 = nan;
+boxidx.q5 = nan;
 boxidx.whi = nan;
 boxidx.maximum = nan;
 boxidx.numNans = 0;
@@ -2127,9 +2129,11 @@
 ind0 = gStart-1;
 % Calculate 25,50,75 percentile indices.
 if lastind > 1
+    i05 = firstind+ .05*(lastind-firstind) -.45;   % Edit to set 1% for confidence interval
     i25 = firstind+ .25*(lastind-firstind) -.25;
     i50 = firstind+ .50*(lastind-firstind);
     i75 = firstind+ .75*(lastind-firstind) +.25;
+    i95 = firstind+ .95*(lastind-firstind) +.45;   % Edit to set 1% for confidence interval
 else
     i25 = 1;
     i50 = 1;
@@ -2195,6 +2199,8 @@
 boxidx.q1 = i25+ind0;
 boxidx.q2 = i50+ind0;
 boxidx.q3 = i75+ind0;
+boxidx.q4 = i05+ind0;   % Edit to set 1% for confidence interval
+boxidx.q5 = i95+ind0;   % Edit to set 1% for confidence interval
 boxidx.whi = whi+ind0;
 boxidx.maximum = lastind+ind0;
 boxidx.outliers = {outall+ind0};
@@ -2235,6 +2241,8 @@
 i25 = boxidx.q1-ind0;
 i50 = boxidx.q2-ind0;
 i75 = boxidx.q3-ind0;
+i05 = boxidx.q4-ind0;   % Edit to set 1% for confidence interval
+i95 = boxidx.q5-ind0;   % Edit to set 1% for confidence interval
 
 % Compute weighted average.
 p25Ratio = i25-floor(i25);
@@ -2261,6 +2269,24 @@
         +x(ceil(i75))*p75Ratio;
 end
 
+% Edit to set 1% for confidence interval
+p05Ratio = i05-floor(i05);
+if p05Ratio==0
+    p05 = x(i05);
+else
+    p05 = x(floor(i05))*(1-p05Ratio) ...
+        +x(ceil(i05))*p05Ratio;
+end
+
+% Edit to set 1% for confidence interval
+p95Ratio = i95-floor(i95);
+if p95Ratio==0
+    p95 = x(i95);
+else
+    p95 = x(floor(i95))*(1-p95Ratio) ...
+        +x(ceil(i95))*p95Ratio;
+end
+
 % Standard percentile function is slower.
 %     p = prctile(x,[25 50 75]);
 %     p25 = p(1);
@@ -2271,11 +2297,13 @@
 % x may be padded with NaN -- don't count them
 nx = sum(~isnan(x));
 
-nhi = p50 + 1.57*(p75-p25)/sqrt(nx);
+%nhi = p50 + 1.57*(p75-p25)/sqrt(nx);
+nhi = p50 + 1.57*(p95-p05)/sqrt(nx);   % Edit to set 1% for confidence interval
 if ~isfinite(nhi)
     nhi = p50;
 end
-nlo = p50 - 1.57*(p75-p25)/sqrt(nx);
+%nlo = p50 - 1.57*(p75-p25)/sqrt(nx);
+nlo = p50 - 1.57*(p95-p05)/sqrt(nx);   % Edit to set 1% for confidence interval
 if ~isfinite(nlo)
     nlo = p50;
 end

手抜きして，既存の関数を直接編集しちゃった．
MATLABを再起動したら読み込まれる．

後で混乱するので，作図したら元に戻しておくこと．