下記の問題が起きた際に、面倒だったのでENABLE_BITCODEをtrueにしてみたところ、iTunesConectへのアップロードの警告(ERROR ITMS-90635)は出なくなったが、Crashlyticsのレポートが__hidden表示になってしまってクラッシュ箇所が分からなくなってしまった。
ERROR ITMS-90635: "Invalid Mach-O Format. The Mach-O in bundle "MyApp.app/Frameworks/SDWebImage.framework" isn’t consistent with the Mach-O in the main bundle. The main bundle Mach-O contains armv7(machine code) and arm64(machine code), while the nested bundle Mach-O contains armv7(bitcode) and arm64(bitcode). Verify that all of the targets for a platform have a consistent value for the ENABLE_BITCODE build setting."
http://qiita.com/yosan/items/417d4aa5a67778ce876e
上記の記事にあるように、cocoapods側のENABLE_BITCODEをfalseにすれば、Crashlyticsのレポートが__hiddenになる問題は解決された。
BITCODEを有効にすると、Crashlyticsのクラッシュレポートがうまく動作しないようだ(?)