※プログラミングレベルは高くないので、より良い方法があれば教えてください

#概要
複数のサンプルのfasta/fastqを１つのファイルにまとめてしまった後に、ヘッダーを修正したいときのためのシェルスクリプト。
テキストの置換件数が多いため、参照となるリストファイルを作成し、一度に複数のテキスト置換を行う。

参考：FASTQ Filesのフォーマット
http://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/help/BaseSpaceHelp_v2/Content/Vault/Informatics/Sequencing_Analysis/BS/swSEQ_mBS_FASTQFiles.htm

#コマンド
xargsを用いたワンライナーを教えてもらいました（2017/9/2更新）

sed 's/\([^\t]*\)\t\(.*\)/s|\1|\2|g/' rename.list | xargs -I{} sed -i '{}' test.fna

旧シェルスクリプト

#!/bin/bash

list="rename.list"
file="test.fna"

# 行数分のループを回す
seq=`cat $list | wc -l`

for i in `seq $seq`
do
	name=`cat $list | awk -F'\t' "NR==${i}" | cut -f1`;
	rename=`cat $list | awk -F'\t' "NR==${i}" | cut -f2 `;
	sed -i "s/$name/$rename/g" $file
done

#ファイル
##rename.list

AAA-BBB-CCC_S1	AAA-BBB-CCC-1_S1
AAA-BBB-CCC_S2	AAA-BBB-CCC-2_S2