はじめに
max_connections = 25000 に設定してある状態で、Sleep 状態のコネクション（プロセス）が 25000 に張り付いたまま解放されないという非常に困る経験をしました。
kill コマンドで 1 個ずつコネクションを消していくことは可能ですが、大きいサービスでアクセスが集中している状況だと、次から次へとコネクションが貼られるので、全く解決に至りません。
そんな状況で、一気にコネクションを解放する方法を探して、実際にやってみて問題を解決することができたので、ここに書いておきます。
補足
「コネクション = プロセス」として話を進めます。
方法
Sequel Pro を用意する
ターミナルを使っても良いのですが、今回 Sequel Pro を使うととても楽に出来たので、Sequel Pro を使った場合の方法を書いています。（ターミナルを使う場合は以下の参考のリンクを参考にしてください）
プロセスの状況を確認する
プロセスの状況を確認し、解放してはいけないプロセスがないかを確認しておきます。
show processlist;
concat を使って複数の kill コマンドを作る
以下のコマンドを流すと複数の kill コマンドが出力されます。
limit と user は適宜変更してください。
本番で動いているサービスなら、limit は最初 100 とかにして、とにかく慎重にやった方が良いです。
select concat('KILL ',id,';') from information_schema.processlist where user='root' limit 5000;
出力された kill コマンドを実行する
出力された複数の kill コマンドを全選択コピーし、ペーストし、Sequel Pro の「すべてのクエリを実行」で実行すると、5000 件の kill コマンドが一気に流れてくれます。
KILL 23718469;
KILL 23721780;
KILL 23713641;
KILL 23747333;
KILL 23728007;
KILL 23719119;
KILL 23758587;
KILL 23764518;
KILL 23721484;
KILL 23760318;
KILL 23597168;
KILL 23740040;
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.
.
KILL 23727601;
プロセスの状況を確認する
最後に再度プロセスの状況を確認して、減っていれば成功です。
show processlist;
参考
https://www.percona.com/blog/2009/05/21/mass-killing-of-mysql-connections/
http://libitte.hatenablog.jp/entry/20141202/1417452564