何か特別な書き方が必要なのかと思っていたけども、
CDNを使うパターンなら通常通りviewsのファイルをいじるだけでOKだった。
index.php
<head>
<link rel="stylesheet" href="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.5/css/bootstrap.min.css">
</head>
<body>
<!-- jqueryの読み込み -->
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<!-- BootstrapのJS読み込み -->
<script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/4.1.1/js/bootstrap.min.js"></script>
</body>
ファイルを落としてきて対応する形だとまた別の実装になるらしい。
毎度viewファイルに書くのは手間なので、テンプレなりフレームワークなりに読み込み処理を移す方法も探したい。