AppDelegateなどで、
__has_includeを使ったマクロを書いていたとします。
MyFacebookToolsは、FacebookSDKを使って色々やっているクラスだと思ってください。

# if __has_include(<FacebookSDK/FacebookSDK.h>)
# import "MyFacebookTools.h"
# endif

システムテストの時だけFaecebookSDKが必要になる予定だったので、
Podfileを以下のようにします。

platform :ios, '6.0'

target :MyUnitTest do
    pod 'GHUnit', '~> 0.5.9'
    pod 'MyCustomFramework', :path => '../MyCustomFramework'
end

target :MySystemTest do
    pod 'GHUnit', '~> 0.5.9'
    pod 'Facebook-iOS-SDK', '~> 3.23'
    pod 'MyCustomFramework', :path => '../MyCustomFramework'
end

これでpod installをしてMyUnitTestのターゲットをビルドすると、
MyFacebookToolsクラスがFacebookSDKのクラスを参照しているけど
Facebook SDKがないよ的なLinker errorが出てきます。。。

そこでPodfileを編集してシステムテストのターゲットをコメントアウトします。

platform :ios, '6.0'

target :MyUnitTest do
    pod 'GHUnit', '~> 0.5.9'
    pod 'MyCustomFramework', :path => '../MyCustomFramework'
end

# target :MySystemTest do
#    pod 'GHUnit', '~> 0.5.9'
#    pod 'Facebook-iOS-SDK', '~> 3.23'
#    pod 'MyCustomFramework', :path => '../MyCustomFramework'
# end

するとエラーが消えました！
他のターゲットで読み込んだpodも影響してしまうようです。。。

同じような症状のissueがOpenのままだったので、対応中なのかもしれません。

Per-configuration pods don't work with __has_include()