pymolのpythonスクリプトで複数の構造を同じ方向からまとめて出力するときのpythonスクリプトの例

Pymolはタンパク質の構造を解析するためのソフトウェアである。

複数のタンパク質の構造を比較する場合、同じ角度からの画像を出力する必要がある。
比較対象が多いと操作が煩雑になるが、本方法でまとめてpng画像を出力することができる。
pymol上でpythonを動かすことでまとめて画像を出力する方法である。
以下のサイトを参考に記述した。

https://pymolwiki.org/index.php/Python_Integration
https://www.blopig.com/blog/2020/11/using-python-in-pymol/
https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
https://pymol.org/pymol-command-ref.html

以下のコードをテキストエディタなどに貼り付け、「XXXX.py」 (XXXXは任意の文字列)と名前をつけ保存する。

#make overall view pymol 実行はspawnで行う。runだと画像が適切に出力しない。
import pymol

#保存先のフォルダを指定する
f_path = '/folder_name/'
#objectの名前のリストを獲得する。
g_obj_l = pymol.cmd.get_object_list('(all)') 

#全てのobjectを一度隠す
pymol.cmd.disable('(all)') 

#pngファイルを連続して出力する。
for i in g_obj_l:
   pymol.cmd.enable(i)
   pymol.cmd.png(f_path + i + '.png')
   #print(i)
   pymol.cmd.disable(i)

pymolのターミナルに以下のコマンドを入力し実行する。
runでもpythonは実行されるが、spawnで実行しないと適切に画像が出力されないので、注意が必要である。

spawn /file_path/XXXX.py