phenixのphenix phaserを利用して複数のドメインを当てはめたい場合

Phenixのphenix phaserを利用した分子置換において、複数のドメインを順番に当てはめてモデルを作成する場合の方法の備忘録です。

モデルを準備する。

複数あるドメインの構造をそれぞれpdbファイルで用意します。

Phaser-MR (full featured) の利用

以下の手順で操作します。

Input and general optionsタブ

Data fileに対象となるmtzファイルを指定する。

Ensemblesタブ

1. まず、Ensemble 1タブが選択されていることを確認する。
2. Model IDに適切なIDを記入する。
3. Add fileをクリックし、対象となるpdbファイルを選択する。
4. 記入された行のChange varianceをクリックし、identityを選択identityを入力。最近はAlphaFold2のモデルを用いる場合が多いため、identity は100%で良い。

ドメインの数に応じて以下の操作を実行する。

1. 一番下に存在する。Add PDB ensembleをクリックする
2. 新しく出たタブを選択する。
3. Model IDに適切なIDを記入する。
4. Add fileをクリックし、対象となるpdbファイルを選択する。
5. 記入された行のChange varianceをクリックし、identityを選択identityを入力。

Serach procedureタブ

1. 探索ドメインの数と同じに数にcomponentがなるようAdd searchをクリックする。
2. Component x の隣の箱をクリックし、Ensembleを指定する。Model IDの中から選択する。
3. 全てのComponentに関して選択する。
4. それぞれのモデルの予想される数をCopies to search forに入力する。

上から順番に探索するので、構造が大きい順に指定した方が良いと思われる。
domainが2つの時の記入例

Runを実行し、結果を確認する。