Chimera XはUCSFの開発した、タンパク質などの構造を解析するために用いるプログラムです。
https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/

論文用の図などの作成に使用頻度の高そうなコマンドを備忘録の意味もこめて、ここに並べます。

ドメインごとに色分けする。

例１、3つのドメインがあるタンパク質を色分けする。
普通に色付けすると全ての原子がその色になってしまうため、最後にbyhetroによって炭素原子以外を原子種ごとの色に戻すと良い。
colorコマンドを基本的に利用(https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/color.html#target)。

color #1/A:1-420 cyan
color #1/A:421-500 green
color #1/A:501-860 orange
color #1 byhetero

リガンド周辺のマップのみ表示させる

#1にPDBファイルを、#2にmapファイルを開いた場合。mapファイルはなんでも良い。
以下の操作で表示させたのちにズームし、微調整すると良い。
volume () とselect (https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/select.html), view (https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/view.html) を利用。

#1001は目的のリガンドの残基番号
select #1/A:1001

#選択した残基、周囲3Åのmapを新しいオブジェクトとして生成する。
volume zone #2 near sel range 3 newMap true

#目的の残基にズームする。
view #1/A:1001

#選択を解除してなければ以下のコマンドでもOK
view sel

#以下のように、viewのみを打てば全体表示に戻れます。
view

目的残基のモデルを表示させる

選択された範囲の原子モデルが表示される。
show (https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/show.html) を利用

指定した範囲の原子モデルを表示する場合。

#274から290の間の原子モデルを表示する。
show #1/A:274-290 atoms

cartoonを表示する場合

#274から290の間のcartoonを表示する。
show #1/A:274-290 cartoons

# #1のchain A、全体のcartoonを表示する。
show #1 cartoons

#以下の様にコンマで区切ると目的の残基だけ表示できます。
show #1/A:167,308,207,401,302 atoms

モデルを重ね合わせる。

align #1 toAtoms  #2 matchChainIds true

マップをタイル表示する。

#tileを実行する。
tile

#元に戻す。
tile off

#間隔を調整する。1~2の間で見やすい範囲に配置を調整するといい。
tile spacingFactor 1.5

#tile 列の数を調整する。数字をサンプル数にすると横1列になる。
tile columns 4

#間隔を調整すつつ列の数を調整する。
tile spacingFactor 1.2 columns 4