会社のWindowsマシンにPython2系と3系の環境が必要になったので構築したときのメモを残しておきます。
もっと苦労するかと思ったら思いのほか簡単にできてびっくりしました。

実現したいこと

基本的にPython 3系の方が使う頻度が高いので、コマンドプロンプトにて
python
と打ってPython 3系が起動

python2
と打ってPython 2系が起動

という感じにしたい。

実行環境

Windows 10 64bit
Anaconda 5.2

Anacondaをインストール

Python 2.x versionとPython 3.x versionのリンクが表示されていますが、両方ダウンロード、インストールします。
詳細は割愛しますが、パスの自動設定するようインストーラのチェックボックスにチェックをいれてください。

該当ファイルのファイル名を変更

Anaconda2フォルダ内にある"python.exe"を同じディレクトリーにコピーして"python2.exe"を作成してください。
(コピーでなく名前の変更だけをしてしまうと設定に失敗してしまうようなので要注意)

次にAnaconda2のScripts内にあるファイル名を以下のように変更してください。

anaconda.exe -> anaconda2.exe
anaconda-script.py -> anaconda2-script.py
conda.exe -> conda2.exe
conda-script.py -> conda2-script.py
easy_install.exe -> easy_install2.exe
easy_install-script.py -> easy_install2-script.py
pip.exe -> pip2.exe
pip-script.py ->pip2-script.py
spyder.exe -> spyder2.exe
spyder-script.py -> spyder2-script.py

以上で設定完了、実現したいことの通りにできました！

参考ブログ