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scikit-learn

Scikit learnより グリッドサーチによるパラメータ最適化

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Grid search とは

scikit learnにはグリッドサーチなる機能がある。機械学習モデルのハイパーパラメータを自動的に最適化してくれるというありがたい機能。例えば、SVMならCや、kernelやgammaとか。Scikit-learnのユーザーガイドより、今回参考にしたのはこちら。


やったこと


  • 手書き数字(0~9)のデータセットdigitsをSVMで分類


  • GridSearchCVを使って、交差検定でハイパーパラメータを最適化

  • 最適化時のモデルの評価関数にはf1を使用


データの準備

手書き数字のdigitsをインポート。

from sklearn import datasets

from sklearn.cross_validation import train_test_split
from sklearn.grid_search import GridSearchCV
from sklearn.metrics import classification_report
from sklearn.svm import SVC

digits = datasets.load_digits()
n_samples = len(digits.images) # 標本数 1797個
X = digits.images.reshape((n_samples, -1)) # 8x8の配列から64次元のベクトルに変換
y = digits.target # 正解ラベル

train_test_splitで、データセットをトレーニング用とテスト用に2分割。

X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.5, random_state=0)

print(X.shape)
>>> (1797, 64)
print(X_train.shape)
>>> (898, 64)
print(X_test.shape)
>>> (899, 64)


最適化したいパラメータの設定

次に、最適化したいパラメータをリストで定義。例題のものに加えて、polyとsigmoidのkernelを追加。

tuned_parameters = [

{'C': [1, 10, 100, 1000], 'kernel': ['linear']},
{'C': [1, 10, 100, 1000], 'kernel': ['rbf'], 'gamma': [0.001, 0.0001]},
{'C': [1, 10, 100, 1000], 'kernel': ['poly'], 'degree': [2, 3, 4], 'gamma': [0.001, 0.0001]},
{'C': [1, 10, 100, 1000], 'kernel': ['sigmoid'], 'gamma': [0.001, 0.0001]}
]


最適化の実行

GridSearchCVを使って、上で定義したパラメータを最適化。指定した変数は、使用するモデル、最適化したいパラメータセット、交差検定の回数、モデルの評価値の4つ。評価値はf1とした。precisionrecallでもOK。詳しくはこちら

score = 'f1'

clf = GridSearchCV(
SVC(), # 識別器
tuned_parameters, # 最適化したいパラメータセット
cv=5, # 交差検定の回数
scoring='%s_weighted' % score ) # モデルの評価関数の指定

トレーニング用データセットのみを使い、最適化を実行。パラメータセットなどが表示される。

clf.fit(X_train, y_train) 

>>> GridSearchCV(cv=5, error_score='raise',
>>> estimator=SVC(C=1.0, cache_size=200, class_weight=None, coef0=0.0,
>>> decision_function_shape=None, degree=3, gamma='auto', kernel='rbf',
>>> max_iter=-1, probability=False, random_state=None, shrinking=True,
>>> tol=0.001, verbose=False),
>>> fit_params={}, iid=True, n_jobs=1,
>>> param_grid=[{'kernel': ['linear'], 'C': [1, 10, 100, 1000]}, {'kernel': ['rbf'], 'C': [1, 10, 100, 1000], 'gamma': [0.001, 0.0001]}, {'kernel': ['poly'], 'C': [1, 10, 100, 1000], 'gamma': [0.001, 0.0001], 'degree': [2, 3, 4]}, {'kernel': ['sigmoid'], 'C': [1, 10, 100, 1000], 'gamma': [0.001, 0.0001]}],
pre_dispatch='2*n_jobs', refit=True, scoring='f1_weighted',
verbose=0)


結果の表示

clf.grid_scores_で各試行でのスコアを確認できる。

clf.grid_scores_

>>> [mean: 0.97311, std: 0.00741, params: {'kernel': 'linear', 'C': 1},
>>> mean: 0.97311, std: 0.00741, params: {'kernel': 'linear', 'C': 10},
>>> mean: 0.97311, std: 0.00741, params: {'kernel': 'linear', 'C': 100},
>>> ...
>>> mean: 0.96741, std: 0.00457, params: {'kernel': 'sigmoid', 'C': 1000, 'gamma': 0.0001}]

clf.best_params_で最適化したパラメータを確認できる。

clf.best_params_

{'C': 10, 'gamma': 0.001, 'kernel': 'rbf'}

各試行のスコアをテキストで、最適化したパラメータでの精度をテーブルで表示。

print("# Tuning hyper-parameters for %s" % score)

print()
print("Best parameters set found on development set: %s" % clf.best_params_)
print()

# それぞれのパラメータでの試行結果の表示
print("Grid scores on development set:")
print()
for params, mean_score, scores in clf.grid_scores_:
print("%0.3f (+/-%0.03f) for %r"
% (mean_score, scores.std() * 2, params))
print()

# テストデータセットでの分類精度を表示
print("The scores are computed on the full evaluation set.")
print()
y_true, y_pred = y_test, clf.predict(X_test)
print(classification_report(y_true, y_pred))

こんなふうに出力されます。

# Tuning hyper-parameters for f1

Best parameters set found on development set: {'kernel': 'rbf', 'C': 10, 'gamma': 0.001}

Grid scores on development set:

0.973 (+/-0.015) for {'kernel': 'linear', 'C': 1}
0.973 (+/-0.015) for {'kernel': 'linear', 'C': 10}
0.973 (+/-0.015) for {'kernel': 'linear', 'C': 100}

[長いので中略]

0.967 (+/-0.009) for {'kernel': 'sigmoid', 'C': 1000, 'gamma': 0.0001}

The scores are computed on the full evaluation set.

precision recall f1-score support

0 1.00 1.00 1.00 89
1 0.97 1.00 0.98 90
2 0.99 0.98 0.98 92
3 1.00 0.99 0.99 93
4 1.00 1.00 1.00 76
5 0.99 0.98 0.99 108
6 0.99 1.00 0.99 89
7 0.99 1.00 0.99 78
8 1.00 0.98 0.99 92
9 0.99 0.99 0.99 92

avg / total 0.99 0.99 0.99 899