MC内にレイヤー1とかレイヤー2とかの連番が並んでいるのを見るのが嫌なので制作しました。
右クリックメニュー「レイヤーに配分」を使うと配置されているMC名やファイルネームが
レイヤーネームになり配置されるのでこちらを利用。配分後のレイヤーが残ってしまうので
空白レイヤーを削除。もともと空のレイヤーも削除されるのでスッキリします。

空白レイヤーの定義を、レイヤーのフレーム1になにも置かれていない事としているので
場合によって変更の必要があるかと思われます。

jsfl


//
// MC内のレイヤー全てを配分し空白レイヤーを削除する
//

var layers = fl.getDocumentDOM().getTimeline().layers;
//全ての非表示とロックを外す　ガイドレイヤーは何もしない
for (var i = 0; i < layers.length; i++) {
	if(layers[i].layerType != "guide"){
		layers[i].locked = false;
		layers[i].visible = true;
	}
}

// すべて選択
fl.getDocumentDOM().selectAll();
// レイヤーに配分
fl.getDocumentDOM().distributeToLayers();

var afterLayers =fl.getDocumentDOM().getTimeline().layers;
var len=afterLayers.length-1;
//空白レイヤーを削除
for (var i=len; i>=0 ; i--) 
{
	//最初のフレームに何も配置されていないならレイヤーを削除する
	if(!afterLayers[i].frames[0].elements[0]){
		fl.trace("DeleteLayer = "+fl.getDocumentDOM().getTimeline().layers[i].name);
		fl.getDocumentDOM().getTimeline().deleteLayer(i);
	}
}